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LISTA DE EXERCICIOS 2 PARA P1 Tradução 1. As proteínas são sintetizadas pelo processo de tradução. Sobre as proteínas, assinale verdadeiro (V) ou falso (F): a) (V) As proteínas são formadas por cadeias de polipeptídeos b) (F) As cadeias de polipeptídeos são unidas por ligações fosfodiéster c) (V) Os aminoácidos formam as proteínas e diferem-se pelos seus grupamentos laterais d) (V) As formas e funções das proteínas são altamente variáveis, uma vez que dependem da seqüência de aminoácidos e dobramento da proteína e) (V) As estruturas das proteínas podem ser primárias, secundárias, terciárias e quaternárias 2. (Questão modelo ENADE) A tradução é o processo pelo qual as proteínas são sintetizadas. A síntese de proteínas ocorre no citoplasma, em organelas chamadas de ribossomos, onde os códons do RNA mensageiro são convertidos em aminoácidos que irão formar as proteínas. Em procariotos e eucariotos é subdividida em três estágios: a iniciação, o alongamento e a terminação (Snustad e Simmons, 2013). Qual evento ocorre no estágio de iniciação da tradução? a) Movimento de translocação do ribossomo pelo RNA mensageiro b) Reconhecimento de códons de término no ribossomo c) Reconhecimento do códon de iniciação AUG no RNA mensageiro pela subunidade pequena do ribossomo d) Formação da cadeia polipeptídica pela enzima peptidil transferase e) Adição de uma molécula de água à cadeia polipeptídica nascente e dissociação do ribossomo 3. Considere o segmento de DNA abaixo: 5' - ATG AAG CCT TAT CAT GTG CTT AAA GGT CTA CAG - 3' (fita codificadora) 3' - TAC TTC GGA ATA GTA CAC GAA TTT CCA GAT GTC - 5' (fita molde) a) Qual a seqüência do mRNA formado? 5' - AUG AAG CCU UAU CAU GUG CUU AAA GGU CUA CAG - 3' b) Qual a seqüência de aminoácidos no polipeptídeo? (Consulte o código genético) Metionina - lisina - prolina - tirosina - histidina - valina - leucina - lisina - glicina - leucina - glutamina 4. O ribossomo é a organela na qual ocorre a síntese de proteínas. Sobre esta organela, responda: a) Qual a constituição dos ribossomos? RNA ribossômico e proteínas 7 b) Como ocorre o início da tradução? A subunidade menor do ribossomo deve reconhecer a sequencia de início do RNAm que contém o códon AUG. Depois, a subunidade maior se liga formando o ribossomo completo c) O que são os sítios A, P e E do ribossomo? São os sítios nos quais os RNA transportadores se ligam carregando os aminoácidos para a formação da cadeia polipeptídica nascente. No sítio A se liga o RNA transportador como o aminoácido, no sítio P está a cadeia polipetídica em formação e o sítio E é o sítio de saída do RNA transportador descarregado (sem aminoácido) d) Qual o tipo de ligação química que é estabelecida entre os aminoácidos? Ligação peptídica e) Como ocorre o término da tradução? O ribossomo reconhece os códons de término. Entra uma molécula de água e libera a proteína que estava sendo sintetizada. As subunidades do ribossomo se dissociam f) O que é um códon e um anticódon? O códon é uma trinca de nucleotídeos do RNA mensageiro. O anticódon é a sequencia no RNA transportador que se pareia com o códon na tradução para a adição do aminoácido correto 5. Sobre o código genético, responda: a) O códon de início da tradução é o AUG. Ele codifica que aminoácido? Metionina b) O que são os códons UAA, UAG e UGA? São os códons que sinalizam o final da tradução (stop codons) c) Existem quantos aminoácidos nas nossas proteínas? 20 tipos P ri m ei ra b a se Segunda base Terceira b a se 8 Mutação 6. Um segmento curto de um gene tipo selvagem apresenta a seguinte seqüência de pares de nucleotídeos: 5´- ATG TCC GCA TGG GGA – 3´ (codificante) 3´- TAC AGG CGT ACC CCT – 5´ (molde) a) Qual a seqüência do mRNA formado? 5´- AUG UCC GCA UGG GGA 3´ b) Qual a seqüência de aminoácidos no polipeptídeo? Metionina – serina – alanina – triptofano – glicina c) Caso haja uma substituição de uma par de nucleotídeos nesse gene, com troca de G:C na posição 7 por A:T, qual será o efeito no DNA e no mRNA (mostre a sequência formada)? Qual será a seqüência de aminoácidos no polipeptídeo? 5´- ATG TCC ACA TGG GGA – 3´ (codificante) 3´- TAC AGG TGT ACC CCT – 5´ (molde) RNAm: 5´- AUG UCC ACA UGG GGA – 3´ Polipeptídeo: Metionina – serina – treonina – triptofano - glicina d) Caso haja a substituição de um par de nucleotídeos com troca de G:C na posição 12 por A:T, qual será o efeito dessa mutação no mRNA e no polipeptídeo produzido por esse gene? 5´- AUG UCC GCA UGA GGA – 3´ Ocorre a formação de um códon de término, levando a formação de uma cadeia polipeptídica mais curta (truncada) Metionina - serina - alanina e) Caso haja uma inserção de um par de bases A:T entre os pares de nucleotídeos 6 e 7, qual será o efeito dessa modificação no mRNA? E na sequência de aminoácidos no polipeptídeo? RNAm: 5´- AUG UCC AGC AUG GGG A-3´ Polipeptídeo: Metionina – serina – serina – metionina – glicina A inserção de um par de bases altera a matriz de leitura do mRNA distal ao sítio de mutação. 7. As mutações de ponto podem ser causadas por substituição de pares de bases ou adições e deleções. a) As substituições de bases podem gerar mutações do tipo: (i) silenciosa, (ii) sinônima, (iii) de troca de sentido ou (iv) sem sentido. Descreva cada um destes tipos e o efeito na proteína. Mutação silenciosa: códon alterado especifica o mesmo aminoácido Mutação sinônima: códon alterado especifica um aminoácido diferente, mas com função equivalente Mutação de troca de sentido: códon alterado especifica um aminoácido diferente e com função diferente Mutação sem sentido: códon alterado é substituído por um códon de terminação b) Defina o que são adições e deleções e seus efeitos na proteína. Adição: inserção de um nucleotídeo (ou poucos) na cadeia de DNA Deleção: perda de um nucleotídeo (ou poucos) na cadeia de DNA 9 Levam a alteração da matriz de leitura a partir da mutação, que leva a formação de proteínas maiores ou menores que a sequência original 8. Classifique as mutações abaixo como: a) Mutações espontâneas b) Mutações induzidas ( a ) Lesões espontâneas ( b ) Agentes mutagênicos físicos ( b ) Agentes mutagênicos biológicos ( a ) Mudanças tautoméricas ( a ) Erros replicativos ( b ) Agentes mutagênicos químicos 9. Todos os dias somos expostos a uma série de agentes que podem causar danos no DNA das nossas células. Estes agentes são classificados como agentes mutagênicos. Sobre estes agentes, responda o que se pede: a) Como estes agentes causam danos no DNA? Estes agentes podem causar quebras de DNA, modificações na estrutura química do DNA, erros replicativos, incorporação na dupla hélice b) Cite dois agentes mutagênicos físicos. Radiação ionizante e radiação não-ionizante c) Cite dois hábitos que podem contribuir para a indução de mutações. Tabagismo, alcoolismo, consumo de alimentos com agrotóxicos, exposição a radiação solar sem proteção d) O que acontecem com as lesões induzidas no DNA? Podem ser reparados por proteínas de reparo ou podem persistir no DNA, levando a produção de proteínas alteradas 10. Sobre as mutações, assinale verdadeiro (V) ou falso (F): a. ( V ) As mutações podem ser originadas por erros ocorridos durante a replicação, uma vez que as DNA polimerases podem cometer erros de incorporação b. ( F ) Existem dois tipos de mutações de ponto que podem ocorrer no DNA: (i) as substituições de base e (ii) as deleções e inserções. As adições podem ser causadas por transições ou transversões. c. ( V ) As substituições de bases podem ter efeito silencioso, quando o códon alterado especifica o mesmo aminoácido d. ( F ) A mutação de troca de sentido é aquela que o códoné substituído por um códon de terminação e. ( F ) A mutação sem sentido é aquela que o códon alterado especifica um aminoácido diferente e com função equivalente. f. ( V ) As adições ou deleções são resultado da inserção ou retirada de um ou vários pares de bases de DNA. Conseqüentemente, isto leva a um deslocamento do quadro de leitura no gene distais ao local onde ocorreu a mutação. g. ( V ) As mutações podem não apresentar efeito na proteína, devido a degeneração do código genético. 10 11. As mutações podem ocorrer em dois níveis: gênicos ou cromossômicos. Qual a diferença entre elas? As mutações gênicas ocorrem em alguns nucleotídeos e são detectadas por técnicas moleculares (PCR ou sequenciamento). Já as mutações cromossômicas são maiores e detectadas por técnicas citogenéticas (microscopia) 12. Os danos no DNA podem ser reparados por diferentes vias de reparo. Sobre as vias de reparo, assinale verdadeiro (V) ou falso (F): a. ( V ) A fotorreativação ocorre em bactérias, mas não em mamíferos b. ( V ) O reparo por excisão pode ser (i) excisão de bases ou (ii) excisão de nucleotídeos c. ( F ) O reparo por excisão de nucleotídeos remove danos que pouco distorcem a dupla fita de DNA d. ( V ) O reparo por excisão de bases remove danos oxidativos e bases desaminadas e. ( V ) O reparo de bases mal pareadas corrige lesões formadas durante a replicação de DNA f. ( F ) As quebras de fita dupla de DNA podem ser reparadas por duas vias: (i) recombinação homóloga e (ii) reparo por excisão de bases g. ( F ) O reparo por recombinação não-homóloga é uma via não propensa a erros h. ( V ) O reparo por síntese translesão é uma via que tolera danos muito extensos 13. Explique por que deficiências em genes reparo são altamente deletérias e estão relacionadas com o desenvolvimento de doenças. Porque os genes de reparo são responsáveis pela correção de lesões induzidas no DNA. Caso as lesões não sejam corrigidas, levam ao mal funcionamento do organismo, desencadeando doenças, inclusive o câncer.
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