revisão proteínas

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Atividade de Revisão
1) O que você entende por ligação covalente? 
Ligação covalente é quando ocorre o compartilhamento de pares de elétrons de átomos próximos para completar a camada de valência, como as duas ligações covalentes que o átomo de Oxigênio é capaz de fazer, devido a este átomo ter 6 elétrons em sua camada de valência. Logo, a quantidade de ligações covalentes que um átomo pode fazer é diretamente relacionado à seu número atômico.
2) Qual ligação química é mais forte covalente ou iônica? Quais parâmetros podem ser usados para determinar a intensidade de uma ligação química?
A ligação covalente é a mais forte e a ligação dupla é ainda mais forte. A intensidade da ligação química pode ser definida através da quantidade de ligações, dos núcleos as quais pertencem, etc.
3) Quase os principais tipos de ligações não covalente? 
Força de Van de Waals, ligação de Hidrogênio e interações eletrostáticas.
4) Como interações hidrofóbicas afetam o enovelamento de proteínas?
As ligações peptídicas, entre os grupos amina e carboxila dos aminoácidos, só ocorre na ausência de água.
 5) Qual a utilidade e princípio de funcionamento dos reagentes e materiais descritos abaixo?
( a) imidazol; 
Usado para separar proteínas com cauda de histidina da coluna de Níquel. O imidazol é usado na eluição, mas o excesso de imidazol compete com a histidina pelo Níquel e assim, libera a proteína de interesse.
(b) IPTG (isopropil-α-D-tiogalactopiranosídeo) ;
Indutor análogo a lactose no operon lac.
 (c) ampicilina; 
Antibiótico usado para selecionar as bactérias que “receberam” o indutor.
(d) DNA ligase; 
“cola” pedaços de DNA complementares, é uma enzima de adesão.
(e) poliacrilamida;
Usado em eletroforese de proteínas, possui característica de “filtro” de forma que as proteínas mais leves avancem mais rápido e as com maiores pesos fiquem retidas por mais tempo.
 (f) brometo de etídeo;
Utilizado em eletroforese de gel de agarose, é um intercalante do DNA.
 (g) Taq polimerase; 
Enzima que suporta temperaturas elevadas, retirada pela primeira vez de bactérias termais, é a polimerase usada em PCR por replicar o DNA neste método em temperaturas elevadas.
(h) DTT = ditiotreitol;
Redutor, quebra ligações dissulfeto.
(i) ágar;
Usado em eletroforese de agarose, funciona como a poliacrilamida mas para ácidos nucleicos, formando uma malha para a passagem dessas moléculas. 
(j) PMSF (fluoreto de fenilmetilsulfonila); 
Inibidor de proteases. 
(n) SDS (dodecil sulfato de sódio). 
Quebra ligações não-covalentes.
6)Uma proteína migra em SDS-PAGE redutor (na presença de DTT ou β-mercaptoetanol) como uma banda de 10kDa e em SDS-PAGE não redutor (na ausência de DTT ou β-mercaptoetanol) como uma banda de 20kDa. Que considerações podem ser feitas sobre essa proteína? 
É esperado que o gel com o redutor tenha peso menor, pois o redutor quebra as ligações dissulfeto e assim, não se observa a proteína íntegra e sim as subunidades proteicas. A proteína tem duas subunidades de 10kDa ligadas por ligações dissulfeto.
7) Queremos purificar uma mistura de quatro proteínas: anidrasecarbônica (pI = 7,0) ; Carboxipeptidase B (pI = 6.2); quimiotripsina (pI = 8.0) e lisozima (pI = 9.8). Supondo que pretendemos usar cromatografia de troca catiônica, qual seria a ordem de eluição predita dessas proteínas a pH 5,0? E a pH 9,0?
pH 5: lisozima, quimiotripsina, anidrasecarbônica e carboxipeptidase.
pH 9: carboxipeptidase, anidrasecarbônica, quimiotripsina e lisozima.