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A degradação de proteínas é fundamental par a proteostase geral das células, evitando a produção de proteínas anormais ou indesejáveis e permitindo a reciclagem dos aminoácidos. A meia vida das proteínas eucarióticas varia de 30 segundos até muitos dias. Muitas proteínas apresentam uma taxa de renovação rápida, se for considerado o tempo de vida da célula, embora poucas (como hemoglobina) possam durar por toda a vida da célula (cerca de 110 dias, no caso de um eritrócito). As proteínas degradadas rapidamente incluem aquelas que são defeituosas devido à inserção de aminoácidos errados ou em virtude de danos acumulados durante o funcionamento normal. E as enzimas que atuam em pontos- chave da regulação de vias metabólicas geralmente apresentam uma renovação rápida. As proteínas defeituosas e aquelas com meia-vida caracteristicamente curta geralmente são degradadas tanto nas células bacterianas como nas células eucarióticas por sistemas citosólicos seletivos dependentes de ATP. Um segundo sistema, que opera nos lisossomos das células de vertebrados, recicla os aminoácidos das proteínas de membrana, das proteínas extracelulares e das proteínas de meia-vida caracteristicamente longa. Em geral, a hidrólise de ATP é utilizada para manipular a proteína-alvo através de um poro para dentro da câmera proteolítica, e a proteína é desnaturada no decorrer desse processo. As proteínas são clivadas dentro da câmera. Uma vez que a proteína tenha sido reduzida a peptídeos pequenos e inativos, outro processo, este independente de ATP, completa a degradação. A via dependente de ATP em células eucarióticas envolve a proteína ubiquitina. Uma proteína pequena (76 resíduos de aminoácidos) que é altamente conservada. Sua sequência de aminoácidos na bactéria e nos seres humanos difere em somente 3 resíduos. A ubiquitina marca proteínas intracelulares para a degradação por ligação covalente a grupos amino de resíduos de lisina. Esse processo é realizado por um sistema de 3 enzimas que adicionam a ubiquitina às proteínas-alvo para a degradação. Muitas vezes, a proteína-alvo é poliubiquitinilada, ou seja, moléculas adicionais de ubiquina são ligadas a moléculas de ubiquitina prévias, formando longas cadeias de ubiquitina na proteína-alvo. Após a poliubiquitinilação estar completa, a proteína-alvo é liberada do complexo trienzimático. Então, um complexo proteolítico conhecido como proteassoma degrada a proteína marcada, liberando a ubiquitina intacta que pode novamente marcar outras proteínas para degradação. O proteassoma básico é um complexo protéico 20S cilíndrico com múltiplos sítios proteolítico internos. A hidrólise de ATP é utilizada tanto para desdobrar a proteína marcada quanto para impeli-la para o interior do cilindro. O complexo 20S é regulado por complexos de proteínas cap, os quais se ligam a proteínas ubiquitiniladas (passo que requer ATP) e as entregam ao complexo 20S. Depois que proteína-alvo é degradada, a ubiquitina é liberada intacta e reciclada. Os aminoácidos resultantes juntam-se ao pool intracelular de aminoácidos livres. Diferentes complexos cap anteram a especificidade dos proteassomas.
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