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1 - TRANSCRIÇÃO 
a) Quais são as fases do ciclo da transcrição do RNA? 
A transcrição é um processo dividido em três fases. O início: sequências específicas do 
DNA sinalizam o local de formação do complexo de transcrição para iniciar a cópia das 
sequências do DNA em RNA; o alongamento da cadeia, na qual a molécula de RNA é 
sintetizada; e a terminação, processo em que a síntese do RNA é terminada. 
 
b) Quais as enzimas envolvidas na transcrição? Em 
1960 foi descoberta uma enzima capaz de, na presença de DNA fita dupla e dos 
ribonucleotídeos trifosfatados (ATP, CTP, GTP e UTP), sintetizar RNA. Essa enzima foi 
denominada RNA-polimerase (RNAP). A reação catalisada pelas RNAPs é 
mecanisticamente idêntica à reação catalisada pelas DNApolimerases. 
 
c) A Síntese de RNA ocorre de forma individual, ou seja, um RNA de cada vez é 
sintetizado? 
Diferentes tipos de RNAs são sintetizados durante a transcrição. Através da 
transcrição, são sintetizados todos os tipos de RNAs da célula. O RNAr, RNAm, RNAt 
e outros RNAs menores. 
 
 
d) A transcrição possui alguma característica em comum com a replicação do DNA? 
Explique. 
Existem muitas semelhanças entre a síntese de DNA e a de RNA. Entretanto, a função 
biológica de cada um desses processos é bastante diferente. A síntese de DNA deve 
ser precisa e uniforme. Em contradição, a transcrição espelha o estado fisiológico da 
célula. Além disso há a presença de uma enzima polimerase em ambos os processos. 
 
e) Na transcrição ambas as fitas são copiadas? 
 Não, apenas fita molde. Após forma o RNA que se faz no sentido 5’-3’. 
 
f) Qual o nome das fitas na porção do DNA que é transcrito? 
Fitas complementares. 
 
g) O que é RNAP? 
É RNA polimerase. Todas as RNAPs celulares são complexos protéicos com 
subunidades múltiplas e partilham um complexo básico comum entre todos os 
domínios de vida. Além da atividade de polimerase as RNAPs catalizam outras 
reações, como a clivagem do RNA sintetizado que permite a correção de erros e 
recuperação de complexos de transcrição pausados. 
 
h) O que é iniciação abortiva? 
É um estado estático formado por um complexo aberto no promotor, onde a RNAP 
ainda está ligada ai sítio de início da transcrição. 
 
 
i) O que é transcrição basal? 
Significa sintetizar RNA a partir do promotor de um DNA-molde. 
 
j) Quais são as atividades das RNAPs? 
Reconhecem e se ligam à sequências específicas de DNA; separam a hélice dupla do 
DNA, expondo a sequência de nucleotídeos a ser copiada; mantém as fitas de DNA 
separadas na região de síntese do DNA; mantém estável o híbrido do DNA-RNA na 
região de síntese; renaturam o DNA na região posterior à da síntese; sozinhas ou com 
o auxílio de proteínas específicas, terminam a síntese do RNA. 
 
k) Qual a direção de adição de ribonucleotídeos? 
A adição de nucleotídeos ocorre no sentido 5’-3’. 
 
l) A RNAP precisa de um iniciador (primer) semelhante a DNA-polimerase? 
As RNAPs não necessitam de um iniciador para começar a síntese do DNA, e isso 
contrasta com as DNA-polimerases. 
 
m) Quantas classes de RNAPs existem em eucariotos e procariotos e de quantas 
subunidades elas são formadas? 
Em eucariotos existem três classes: euRNAPI, euRNAPII e euRNAPIII, sendo 
compostos por complexos proteicos, contendo de 6 a 17. Em plantas, existem mais 
duas classes: a RNAPIV e RNAPV. 
 
n) Quem faz o reconhecimento do promotor na RNAP de procariotos? 
Aminoácidos específicos do fator sigma estão ligados ao DNA, conferindo ao complexo 
RNAP a capacidade de reconhecer e ligar-se ao promotor. 
 
o) Existe um único fator sigma (proteína) em procariotos para formar holoenzimas? 
Não, várias bactérias têm fatores sigma alternativos e, portanto formam diferentes 
RNAPs holoenzimas. 
 
p) Por que existem diferentes classes de RNAPs em eucariotos? Explique: 
Cada RNAP sintetiza diferentes classes de RNA, em eucariotos, por exemplo, existem 
3 classes nucleares que irão sintetizar o RNAt, RNAr e RNAm. 
 
q) Que outras proteínas participam da transcrição? 
As topoisomerases, que atuam estabilizando as estruturas e refazendo o 
superenrolamento da dupla hélice após o processo de transcrição e os fatores de 
transcrição, que de forma geral e genérica, são qualquer que possa ativar, inativar ou 
modular a expressão gênica. 
 
r) O que são fatores de transcrição? 
 No processo de transcrição, são proteínas qe se ligam a sequências específicas do 
DNA, e que sozinhas ou com interações proteicas, bloqueiam ou promovem a ligação 
das RNAPs nas regiões promotoras dos genes. 
 
s) O que são fatores de transcrição basais? 
São proteínas necessárias para iniciar a transcrição e que não fazem partes das 
RNAPs (complexo de proteínas com atividade na síntese de RNA). Na ausência dos 
fatores basais, o complexo RNAP não pode iniciar a transcrição a partir de um 
promotor. 
 
t) O que é fator universal de transcrição? 
É um fator de transcrição que participa das três classes de genes em eucariotos, como, 
por exemplo, a proteína TBP. 
 
u) O que são fatores de alongamento e de terminação da transcrição? 
 São as proteínas que interagem com os complexos RNAPs nas etapas de 
alongamento, e de terminação da transcrição. Assim, são chamados de fatores de 
alongamento da transcrição os fatores que participam da fase de alongamento e 
fatores de terminação da transcrição os fatores participam da fase de terminação. 
 
v) O que são fatores de transcrição específicos? 
 São os fatores que atuam em genes ou grupos de genes específicos, ou são 
funcionais apenas em tecidos específicos. 
 
Promotores Procariotos e Eucariotos 
 
a) O que são promotores? 
São sequências específicas na molécula de DNA, que determinam o local de formação 
dos complexos e iniciam a transcrição. 
 
b) O que é sítio de início da transcrição? 
É o primeiro nucleotídeo da sequência de DNA, copiado no RNA. 
 
c) Quais os respectivos sinais para nucleotídeos que estão antes ou depois do sítio de 
início da transcrição? 
Os desoxirribonucleotídeos localizados antes do sítio de início da transcrição recebem 
sinal negativo em números crescentes, e os após o sítio +1 em direção ao terminador 
recebem números crescentes positivos. 
 
d) Existe diferença na definição de promotor de eucarioto e de procarioto? 
Nos procariotos o promotor é o conjunto de sequências de DNA onde o complexo de 
RNAP se liga para iniciar a transcrição, ao passo que nos eucariotos o promotor é o 
conjunto de sequências de DNA onde os fatores de transcrição gerais (TF) se ligam 
para posicionar RNAP para o início de transcrição. 
 
e) Quais as regras para os promotores E.coli, que servem para as bactérias em geral? 
 O primeiro nucleotídeo a ser transcrito é uma purina, normalmente no centro 
da sequência. 
 Duas sequências são conservadas na maioria dos genes comparados; uma 
localizada na região -10 e outra na região -35. 
 As regiões -10 e-35 são separadas por 15 a 17 nucleotídeos, o que 
corresponde a uma volta da hélice do DNA. 
 
f) O que pode ser atribuído a maior complexidade nos promotores de eucariotos? 
É mais complexa devido a maior diversidade de genes; a grande complexidade dos 
sistemas, que atribuiu uma maior complexidade no processo de controle de expressão 
(tecidos, órgãos, etc.); a diversidade dos organismos eucarióticos (mamíferos, plantas, 
insetos, fungos, por exemplo; e a existência de pelo menos três euRNAPs, que atuam 
na transcrição de classes diferentes de RNA. 
 
g) As RNAPs de eucariotos se ligam diretamente a sequência do promotor? 
Em eucariotos as RNAPs não se ligam diretamente ao promotor. 
 
h) O que é core promotor? 
Os promotores eucariotos têm uma sequência principal capaz de produzir a transcrição 
um nível basal, que é denominada promotor principal (core promoter).i) Quais os dois tipos principais de promotores para euRNAPII? 
O promotor focalizado, no qual a transcrição inicia em um único nucleotídeo ou em 
uma região bastante restrita com grupos de vários nucleotídeos; e o promotor disperso, 
no qual a iniciação da transcrição ocorre em múltiplos sítios em uma região ampla de 
50 a 100 nucleotídeos. 
 
j) Em quais tipos de genes ocorrem os promotores focalizados e os constitutivos? 
Os promotores do tipo focalizado ocorrem em genes regulados, ao passo que os 
promotores do tipo disperso ocorrem em genes constitutivos. 
 
k) As sequências regulatórias ocorrem somente na região 5’ do gene eucarioto? 
São localizadas tanto na região 5’ amontante do sítio de início de transcrição, como em 
outras regiões do gene. 
 
l) Porções dos genes eucariotos envolvidos na regulação transcricional são constituídos 
por duas regiões distintas, quais são elas? 
Promotor principal e as regiões regulatórias (enhancer, silenciador, ativador). 
 
m) O que são TSS e Inr? 
São siglas utilizadas em eucariotos, sequência de consenso contendo o sítio +1 e as 
sequências flanqueadoras. 
 
n) Quais as duas categorias de promotores principais? 
TATA box e TATA less. 
 
o) O que elementos TATA box, BRE, Inr, TEM, DPE e XCPE1? 
Especificam padrões de transcrição e respostas a enhancers diferentes. 
 
p) O que são genes housekeeping? 
Alguns genes cujo nível de expressão é baixo, como os genes que codificam enzimas 
do metabolismo intermediário, não apresentam TATA box nem Inr, mas uma região rica 
em GC, em um segmento de 100-200 pb localizado a montante do sítio de início de 
transcrição. Esses genes pertencem a um grupo que sempre é expresso, pelo fato de 
serem constantemente requisitados pelas células. 
 
q) O que são promotores proximais e promotores distais ou reforçadores? 
Promotores proximais são elementos reguladores próximos aos promotores, numa 
distância de 50 pb a algumas poucas centenas de pares de bases a montante do sítio 
de transcrição, e os elementos localizados a uma distância razoável (milhares de pares 
de bases), denominados promotores distais ou reforçados (enhancers). 
 
 
 
1 – Quantas e quais são as enzimas polimerases que atuam na replicação do DNA de 
eucariotos? 
no texto são discutidas 3 polimerases (εPol-α, Pol-δ, Pol-ε) mas aparecem na tabela mais 2 
(Pol n e Pol l) 
2 – O que é DNA sintesoma? 
O Sintesoma é ligado ao DNA e contém todas as proteínas necessárias para a síntese deste, 
incluindo o antígeno nuclear de proliferação celular. 
3 – O que são fábricas de replicação? O que deve ser levado em consideração para 
calcular o número de fábricas de replicação? 
O DNA recém sintetizado se localiza em sítios subnucleares discretos, conhecidos como foci 
de replicação ou sítios de replicação. A co-localização de fatores de replicação nestes foci dão 
crescimento a idéia que a replicação toma lugar nas “fábricas de replicação” que conjuga estes 
sítios. Para calcular o número de fábricas deve ser levado em consideração o número de 
fábricas presentes em um núcleo, o comprimento do genoma e a taxa de síntese ao longo da 
forquilha de replicação bidirecional. 
4 – O número de fábricas de replicação é constante ao longo da fase S? 
Não, pois no inicio da fase S as fábricas de replicação estão associadas com genes transcritos, 
mas no meio e no final da fase S coincide com a replicação das mais numerosas s ilentes 
regiões heterocromáticas. Assim, a forquilha de replicação ativa em cada fábrica deve ampliar 
de poucas unidades no inicio, para centenas no fim. 
 
Terminação da transcrição em procariotos e eucariotos 
 
a) As pausas na transcrição de procariotos podem ocorrer por dois mecanismos. Quais 
são estes mecanismos? 
Um que depende de sinais oriundos da formação de grampos de RNA e outro que 
independe deste sinal. 
 
b) Em procariotos a terminação depende do reconhecimento de sequências no DNA ou 
de sequências já transcritas? 
Em procariotos a terminação depende do reconhecimento de sequências no DNA. 
 
c) Quais os dois mecanismos gerais de terminação de transcrição em bactérias? 
Em bactérias existem dois mecanismos gerais de terminação da transcrição, a 
terminação intrínseca e a terminação dependente do complexo p (proteína na Rho). 
 
d) O que é grampo de terminação? 
É a sequência invertida repetida, localizada a montante do último nucleotídeo a ser 
transcrito, permite que o RNA nascente forme um pareamento interno a partir das 
bases complementares na sequência. 
 
e) Resumidamente, quais são os 3 modelos propostos para explicar como o complexo 
Rho provoca a terminação da transcrição? 
O primeiro propõe a colisão do complexo RhoRNA nascente com o complexo de 
transcrição. 
O segundo modelo propõe que o complexo Rho internaliza (puxa) o RNA causando o 
deslocamento do híbrido RNA-DNA, o que determina a parada da transcrição e o 
desligamento da RNAP do complexo, resultando no término da transcrição. 
O terceiro modelo chama-se modelo alostérico, nele o complexo Rho, ligado a RNAP 
sinaliza uma parada na transcrição pelo rearranjo alostérico do centro catalítico da 
RNAP, provavelmente induzido por sequências na região de terminação. 
f) Qual o terceiro tipo de terminação proposto? 
 O terceiro modelo chama-se modelo alostérico, nele o complexo Rho, ligado a RNAP 
sinaçiza uma parada na transcrição pelo rearranjo alostérico do centro catalítico da 
RNAP, provavelmente induzido por sequências na região de terminação. 
g) O que ocorre no DNA eucarioto antes do término da transcrição? 
O RNA nascente é clivado em sua porção 3’, portanto, as sequências que demarcam a 
terminação da transcrição não estão presentes no RNA sintetizado. 
 
h) Que tipo de sequência contribui para o término da transcrição em genes transcritos 
pela RNAPIII? 
A terminação da RNAPIII é definida por sequências ricas em Timina no DNA, esses 
oligômeros de timina desestabilizam o complexo de transcrição e a RNAPIII se desliga 
do DNA-molde. 
 
i) Qual é a distância em termos de nucleotídeos entre a terminação da transcrição e a 
extremidade 3’ dos RNAs processados pela RNAPI? 
A terminação ocorre em uma região de cerca de 1.500 nt após a extremidade 3’ dos 
RNAs processados. 
 
j) Em genes transcritos pela RNAPII o que determina p final da transcrição? 
A terminação da transcrição dos RNAs sintetizados pela RNAPII sucede de forma 
difusa, em uma região de aproximadamente 1.500 nt da extremidade 3’ dos genes 
após a extremidade 3’ dos RNAs processados, a clivagem do transcrito pelo complexo 
de poliadenilação determina o final da transcrição. 
k) Resumidamente, quais os dois modelos de terminação da transição para genes da 
classe II? 
Um dos modelos baseia-se na existência de uma exonuclease 5’-> 3’, que é capaz de 
se ligar à extremidade 5’ do RNA e promove a sua degradação em direção à 
extremidade 3’. 
O outro modelo é denominado alostérico, propõe que a clivagem do RNA nascente no 
sitío de poliadenilação desencadearia alterações conformacionais na RNAPIII e na 
cromatina local, levando a desestabilização do complexo de transcrição e sua 
terminação.

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