Tutorial aula prática montagem de genomas

Prévia do material em texto

Tutorial aula prática montagem de genomas
Observar contigs, fazer scaffolding, alinhamentos, visualizar SNPs
· Parte 1
· Baixar contigs
· Análise no QUAST (report da qualidade dos contigs)
· Fazer BLAST dos contigs x nucleotide database
· Percebemos que bate com Candida
· Baixar genoma em FASTA de várias Candidas
· MAUVE – Windows session – serve pra fazer alinhamento
· Alinhamento dos nossos contigs com um genoma de referência
· MEDUSA scaffolding (online session)
· Draft genome – nossos contigs
· Comparison genome – genoma de referência
- Ele junta alguns contigs, melhora as métricas
· Volta pro LINUX... 
· QUAST de contigs x scaffold, para visualizar a melhora dos contigs que passaram pelo scaffold do MEDUSA
· Adiciona o scaffold no MEDUSA para alinhar
· Parte 2
· Criptococcus neoformans – procurar por genome no NCBI (sabe-se previamente que é uma espécie que tem organismos com inversões de genoma etc. para visualizarmos)
· Montagem até nível cromossomal está ok, abrir linhagens
· Baixar em formato FASTA alguns
· Abrir no MAUVE para alinhar esses genomas
· Observar os eventos de translocação, inversão etc.
· Parte 3
· No LINUX, abrimos dois arquivos previamente baixados (phiEff11 e phiEff11.var)
· Um arquivo difere do outro por alguns SNPs apenas
· Faz-se uma sequência de script
Execução do NUCmer:
nucmer phiEf11.fasta phiEf11_var.fasta
Observar alinhamentos do NUCmer:
show-aligns out.delta "NC_013696.1" "NC_013696.1"
Reportar SNPs:
show-snps out.delta
· Observa-se os resultados dos SNPs encontrados