SNPs: Polimorfismos de Nucleotídeo Único

Prévia do material em texto

Polimorfismos de Nucleotídeo único (SNPs) 
Origem: mutações pontuais; transições e 
transversões 
Geralmente considerados Bialélicos 
Vantagens: abundância no genoma, elevado grau de 
polimorfismo, detecção de diferentes alelos para 
genes de interesse, pode ser feita associação direta 
com o fenótipo de interesse 
 
 
Identificação e genotipagem 
 
Etapas separadas 
Produtos de sequenciamento: identificação de SNPs 
Microarrays: genotipagem através de técnicas de 
pequena e larga escala 
TaqMan 
Técnica de genotipagem 
Baseada em PCR 
 Fragmento de DNA contendo o SNP que 
queremos identificar 
 Utilizamos primers para amplificar o 
fragmento 
 Projetamos uma sonda capaz de hibridizar 
com o SNP 
 Durante a replicação a RNA polimerase não vai 
reconhecer o segmento e vai cliva-lo, gerando 
fluorescência 
Não é muito eficiente para vários SNPs ao mesmo 
tempo devido ao alto custo 
 
Sistema High-resolution Meltiing 
 Fazemos um PCR em tempo real e analisamos a 
curva de melting para análise de homozigotos 
e heterozigotos 
 
 
High-Throughput Genotyping Technology 
Baseado em hibridização em arranjos 
 Sondas marcadas com fluorescência 
 Contato entre os chips-DNA de interesse 
Necessita da identificação prévia dos SNPs 
 
Simultaneamente 
Sequenciamento de larga escala de muitos indivíduos 
ao mesmo tempo 
 Bioinformática: RNA Seq, redução genômica, 
captura de sequências, genes candidatos 
Principio básico: 
1. Clivagem do DNA alvo com enzimas de 
restrição 
2. Utilização de adaptadores aos fragmentos 
3. Junção dos fragmentos 
4. Sequenciamento 
5. Análise Bioinformática 
 
Bancos de dados de SNPs 
• HapMap 
• SNPSeek 
• Ensembl 
• SNPedia