Descarga la aplicación para disfrutar aún más
Vista previa del material en texto
Articulación Básico Clínico Comunitaria 1 Aminoácidos y Proteínas 2020 Módulo Virtual N°4 UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA • � Escuela Superior de MEDICINA Universidad l acional de Mar del Plata Pag.2 Aminoácidos y Proteínas Objetivos del Módulo: - Conocer las moléculas precursoras de las proteínas, su estructura química, propiedades y clasificación. - Estudiar las características del enlace peptídico y otras interacciones entre aminoácidos - Definir y conocer la función biológica de los péptidos - Analizar las múltiples funciones de las proteínas y las formas de clasificarlas. - Estudiar los niveles de organización estructural y la importante relación estructura- función. Contenidos: - Aminoácidos. Estructura, clasificación - Enlace Peptídico. Estructura. Otras interacciones entre aminoácidos - Péptidos. Estructura. Funciones biológicas. Ejemplos - Proteínas. Definición. Funciones. Estructura. Niveles de organización. Desnaturalización. Clasificación. Bibliografía: - Blanco, A., & Blanco, G. Química biológica. (10° ed.). Buenos Aires: El Ateneo. (2016). - Albert L. Lehninger. Principios de Bioquímica (2014). 6ta edición. - Trudy Mckee. Bioquímica. Las bases moleculares de la vida. Editorial. (5ta edición) Mcgraw-Hill Interamericana - MJ. Noriega Borge, JM. Pérez. Fisiología General (2011). Open Course Ware, Universidad de Cantabria. Disponible en https://ocw.unican.es/course/view.php?id=94 Módulo Virtual N° Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.3 Introducción Las proteínas son constituyentes esenciales de todos los organismos. la mayoría de las tareas que realizan las células requieren proteínas, las cuales tienen una asombrosa diversidad de funciones. Además de servir como materiales estructurales en todos los seres vivos (p. ej., como componentes estructurales en el músculo y en el tejido conjuntivo de animales o como componentes de la pared celular de las procariotas), las proteínas participan en funciones tan diversas como la regulación metabólica, el transporte, la defensa y la catálisis. La diversidad funcional que exhibe esta clase de biomoléculas está relacionada de forma directa con las posibilidades de combinación de las unidades monoméricas, los 20 aminoácidos. Aminoácidos Los aminoácidos comunes tienen una estructura general similar para todos, formada por un átomo de carbono central o átomo de carbono alfa (α), unido de forma covalente a un grupo ácido o carboxílico (-COOH), un grupo básico o amino (-NH2) y un átomo de hidrógeno. Su cuarta valencia se encuentra saturada por una cadena lateral (R), que es el elemento que diferencia cada uno de los 20 aminoácidos. UNIVERSIDAD NACIONAL de MARDELPLATA H Escuela Superior de MEDICINA Univel'SKlad Nacional de Mar del Pllta H H !grupo amino!<:::::. COOH <::::.!grupo ácido! 1 H2N-C-H 1 R ii::::> !cadena lateral! e alfa, para todos los amlnoácldos,cxcepto para la glicina, este carbono es asimétrico o qulral, es decir, presenta cuatro sustítuyentes diferentes. Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.4 Clasificación El conocimiento de las propiedades químicas de los aminoácidos estándar es de vital importancia para la comprensión de la bioquímica de las proteínas. La clasificación de los mismos se realiza de acuerdo a las propiedades de los grupos R (cadena lateral), en especial a su polaridad, o tendencia a interaccionar con el agua a pH biológico (cercano a 7). La polaridad de los grupos R varía desde totalmente apolar o hidrofóbico (insoluble en agua) o altamente polar o hidrofílico (soluble en agua). e UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA ........................ Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Triptófano-Trp-W ( ·) H OcC-CH -c-coo· 11 2 1 N _CH NH3 H + Con carga negativa .------.- Acido aspártico-Asp-D -o'\. C - CH _¿ _ COO -1 /7 2 1 O NH3 + Acido glutámico-Glu-E ·o H '\. 1 c - CH - CH - c - coo - /7 2 2 I O NH3 : 1 • :::l Con carga positiva Histidina-His-H (a ph 6,0 ) ( • lactantes ) � HC = c - CH - c - coo . 1 1 2 1 HN:::: .,..NH NH3 + c + H __ ... Lisina-Lys-K ( ' ) H + 1 H3 N - CH 2- CH 2- CH 2- CH 2- C • COO • 1 NH3 Arginina-Arg-R + ( • lactantes ) NH2 H 1 1 c - NH - CH - CH - CH c - coo . lf 2 2 2 I NH2 NH3 + + Tirosina-Tyr-Y H HOo � CH -c-coo· - 2 1 NH3 + Cisteina-Cys-C � HS - CH2- , 9-coo· �H¡ Asparagina-Asn-N H2N H '\. 1 c - CH - c - coo - /7 2 1 O NH3 + Serina-Ser-S � HO - CH - C - COO • 2 1 NH3 + Polares, sin carga H . 1 Ghcocola-Gly-G H _ C _ COO - 1 NH3 + Glutamina-Gln-Q H2N H '\. 1 e - CH - c - coo - � 2 1 O NH3 + H 1 c-coo 1 NH3 + H 1 c-coo· 1 NH3 + H 1 c-coo - 1 NH3 + lsoleucina-lle-1 ( • ) CH -CH - CH 3 2 I CH3 H Prolina-Pro-P H C - C 21 c-coo· H2C-NV1 H H Fenilalanina-Phe-F ( • ) OcH2 Metionina-Met-M ( • ) CH3- S - CH2- CH2 No polares ( hidrófobos ) H 1 Alajtlina-Ala-A CH 3 C - COO • 1 NH3 + CH3 H Valina-Val-V ( ") '\. CH C - COQ - / 1 CH3 NH3 Leucina-Leu-L ( • ) + CH3 H -, CH - CH -C- COO - / 2 1 CH3 NH3 + Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.5 El código de tres letras es la convención de abreviatura de los aminoácidos, utilizando tres letras del nombre completo y facilita la denominación de las secuencias peptídicas. Ej: Arginina – Arg / Metionina- Met Aminoácidos con actividad biológica Algunos aminoácidos no se encuentran formando parte de proteínas; comparativamente son muy minoritarios, y puede apreciarse en ellos pequeños cambios respecto a los aminoácidos comunes. En algunos casos, desarrollan funciones claramente diferenciadas, como es, por ejemplo, el ácido gamma-amino-butírico (GABA) que actúa como neurotransmisor; la creatina que deriva de la glicocola y es un importante metabolito de reserva energética de las células musculares, o la taurina que unida a los ácidos biliares es un componente de las sales biliares. Aminoácidos derivados o modificados Además de los aminoácidos comunes, en algunas proteínas hay aminoácidos derivados. Cada uno de éstos se obtiene por una reacción química en la cadena lateral. Las modificaciones que se observan son muy variadas, y se producen después de constituida la proteína con el objeto de mejorar la función de la misma. Dentro de las modificaciones más frecuentes se encuentran las incorporaciones de diferentes grupos o radicales como los metilo, acetilo, hidroxilo, fosfato, carboxilo, etc. El enlace peptídico Para construir un péptido o una proteína, los aminoácidos deben unirse a través de un enlace covalente que permita su estabilidad y, como se podrá observar, también su amplia versatilidad. El enlace se establece entre un grupo carboxilo de un aminoácido y un grupo amino de un segundo aminoácido mediante una condensación que provoca la liberación de una molécula de agua, quedando formado un enlace amida. La formación de un único enlace da lugar al péptido más pequeño, o dipéptido, constituido tan sólo por dos aminoácidos. Las uniones de sucesivos aminoácidos dan lugar a tripéptidos, tetrapéptidos, oligopéptidos, polipéptidos y en último extremo proteínas. UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.6 Otras Interacciones entre aminoácidos: Puentes Disulfuro: El grupo sulfhidrilo de la cisteína es muy reactivo. La reacción más común de este grupo es una oxidación reversible que formaun disulfuro. La oxidación de dos moléculas de cisteína forma cistina, una molécula que contiene un enlace disulfuro (Fig. 5.13). Cuando dos residuos de cisteína forman uno de estos enlaces, éste se denomina puente disulfuro. Este enlace puede producirse en una cadena individual para formar un anillo o entre dos cadenas separadas para formar un puente intermolecular. Los puentes disulfuro ayudan a estabilizar muchos polipéptidos y proteínas. e UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA ........................ Amino ácido (1) Amino ácido (2) H H H / H H H H Agua H Dipéptido H H Enlace peptídico H "'H lnlt--4��!9. 1 Cysteine Cysteine coo + 1 H3N-CH 1 CH2 1 SH SH 1 CH2 1 + CH-NH3 1 coo coo + 1 H3N-CH 1 CH2 1 s I Cystine s 1 CH2 1 + CH-NH3 1 coo Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.7 PÉPTIDOS Son las moléculas formadas por menos de 100 residuos de aminoácidos. Aunque sus estructuras son menos complejas que las de las moléculas proteínicas más grandes, los péptidos poseen actividades biológicas significativas a) Glutatión (GSH). Tripéptido (γ-glutamil-cisteinil-glicina) que actúa como antioxidante y destoxificante en el interior celular por su capacidad de unirse entre sí formando dímeros a través de la cisteína. b) Oxitocina y Vasopresina: Dos nonapéptidos muy parecidos entre sí, que producidos en la hipófisis, desarrollan diferentes acciones hormonales. c) Encefalinas: Pentapéptidos producidos en el sistema nervioso central que al unirse a determinadas neuronas inducen analgesia (eliminación de las sensaciones de dolor). Metencefalina (2 HN-Tyr-Gly-Gly-Phe-Met-COOH) y Leu-encefalina (2 HN-Tyr-Gly-Gly-Phe- LeuCOOH). d) Bradiquinina: Nonapéptido que inhibe la inflamación tisular (2 HN- Arg-Pro-Pro-Gly-PheSer- Pro-Phe-Arg-COOH) PROTEÍNAS Se define como proteína a todo polipeptido de más de 100 aminoácidos, que desarrolla una estructura característica y cumple una función orgánica. Las proteínas compuestas por una sola cadena polipeptídica se llaman proteínas monoméricas mientras las que asocian más de un polipéptido se conocen como proteínas multiméricas. Funciones De todas las moléculas que se encuentran en los seres vivos, las proteínas son las que tienen las funciones más diversas. 1. Catálisis. Las enzimas son proteínas que dirigen y aceleran miles de reacciones bioquímicas en procesos como la digestión, la captura de energía y la biosíntesis. Estas moléculas tienen propiedades notables. Por ejemplo, pueden aumentar la velocidad de reacción de 106 a 1012 veces. 2. Estructura. Algunas proteínas proporcionan soporte. Las proteínas estructurales suelen tener propiedades muy especializadas. Por ejemplo, el colágeno (componente principal de los tejidos conjuntivos) y la elastina, proteína semejante a la goma que se encuentra en las fibras elásticas, está presente en varios tejidos del organismo (p. ej., en los vasos sanguíneos y en la piel). UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.8 3. Movimiento. Las proteínas participan en todos los movimientos celulares. Por ejemplo, la actina, la tubulina y otras proteínas forman el citoesqueleto. Las proteínas de esta estructura son activas en la división celular, en la endocitosis, en la exocitosis y en el desplazamiento ameboide de los leucocitos. 4. Defensa. Una extensa variedad de proteínas son protectoras. En los vertebrados, por ejemplo, la queratina, una proteína que se encuentra en las células de la piel, ayuda a proteger al organismo contra los daños mecánicos y químicos. Las proteínas implicadas en la coagulación hemática, el fibrinógeno y la trombina, impiden la pérdida de sangre cuando los vasos sanguíneos se lesionan. Las inmunoglobulinas (o anticuerpos) producidas por linfocitos cuando organismos ajenos, como las bacterias, invaden a un organismo 5. Regulación. La unión de una molécula hormonal o de un factor de crecimiento a los receptores en sus células diana modifica la función celular. Entre los ejemplos de hormonas peptídicas se encuentran la insulina y el glucagón: ambos regulan la concentración sanguínea de glucosa. La hormona del crecimiento estimula el desarrollo y la división celulares. Los factores de crecimiento son polipéptidos que controlan la división y la diferenciación de las células animales. 6. Transporte. Muchas proteínas actúan como moléculas transportadoras de moléculas o de iones a través de las membranas o entre las células. Entre los ejemplos de proteínas de membrana están la bomba de Na+-K+ ATPasa y el transportador de glucosa. Otras proteínas transportadoras son la hemoglobina, que lleva el 0 2 a los tejidos desde los pulmones, y las lipoproteínas LDL y HDL, que transportan los lípidos del hígado y del intestino a otros órganos. 7. Almacenamiento. Determinadas proteínas actúan como reserva de nutrientes esenciales. Por ejemplo, la caseína de la leche de los mamíferos son fuentes abundantes de nitrógeno orgánico. 8. Respuesta al estrés. La capacidad de los organismos para sobrevivir a diversos agresores abióticos está mediada por determinadas proteínas. Entre los ejemplos se encuentra el citocromo P450, un grupo diverso de enzimas que se encuentran en los animales y en las plantas que de forma habitual transforman a un gran número de contaminantes orgánicos tóxicos en derivados menos tóxicos. Las temperaturas muy elevadas y otras agresiones dan lugar a la síntesis de una clase de proteínas denominadas proteínas de choque térmico (hsp) que promueven el plegamiento correcto de las proteínas perjudicadas. Si esas proteínas se dañan de forma grave, las hsp estimulan su degradación. UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.9 Estructura Las proteínas son moléculas, en general, muy grandes pudiendo llegar a tener miles de aminoácidos, y por lo tanto sus miles de átomos pueden adoptar una variedad de posiciones en el espacio extremadamente amplia. Cada proteína presenta una estructura espacial característica y única, que se denomina estructura o conformación nativa, y que resulta absolutamente necesaria para que pueda desarrollar su función. Los bioquímicos han diferenciado varios niveles en la organización estructural de las proteínas. La estructura primaria, la secuencia de aminoácidos, es especificada por la información genética. Al plegarse la cadena polipeptídica se forman determinadas disposiciones localizadas de aminoácidos adyacentes que constituyen la estructura secundaria. La forma tridimensional global que asume un polipéptido se denomina estructura terciaria. Se dice que las proteínas que constan de dos o más cadenas polipeptídicas (o subunidades) tienen estructura cuaternaria. e UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA ........................ Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Secuencia Conformación Asociación Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria Combinación 1hmitadade ammoáodos Hélice Hoja Plegada Globular Fibrosa Subunidades iguales Subunidades distintas covalentes. Fuerzas diversas no Unión Peptídica -- - -·-·-·--·-··------� - -- - --- - --- -- -- - - --- --- .. --- ---- ---- -- - ---- - -- -:--- .. -- - - ---- -- -- ---- ------ ··------ - - -·--· ' ' ' ' : Puente de Hidrógeno : ¡ Puente de ínteracconestuororobcas ¡ Hidrógeno salmas electrostátJcas ' Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.10 Estructura primaria Consiste en la determinación de la secuencia de aminoácidos de una proteína, es el nivelde conocimiento más básico y más importante. Las proteínas se diferencian entre sí porque cada una tiene un número de aminoácidos y una secuencia de los mismos distinta. Una serie determinada de aminoácidos dará lugar a una configuración espacial también única y determinada, lo que llevará en último extremo a una función específica y concreta. Estructura secundaria Define las posiciones regulares y repetitivas de aminoácidos adyacentes en una cadena peptídica. Podría suponerse que las posibilidades de colocación en el espacio, que tiene un residuo aminoacídico con respecto a sus vecinos más próximos, son infinitas; sin embargo, la rigidez del plano del enlace peptídico y las limitadas posibilidades de giro alrededor del carbono α, reducen en gran medida las estructuras estables que pueden existir en la realidad. Por dicho motivo, las dos estructuras más importantes y abundantes en las proteínas son: La hélice α y la conformación β. Estas están estabilizadas por enlaces de hidrógeno entre los grupos carbonilo y N-H del esqueleto polipeptídico. La hélice α es una estructura rígida en forma de varilla que se origina cuando una cadena polipeptídica se enrolla en una conformación helicoidal dextrógira. La lámina plegada β se forma cuando se alinean dos o más segmentos de la cadena polipeptídica uno al lado del otro. En lugar de estar enrollada, cada cadena está extendida por completo. e UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA ........................ � hoja plegada Proteina Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.11 Estructura Terciaria Describe las relaciones espaciales entre todos los aminoácidos de la cadena peptídica, proporciona una imagen tridimensional completa de la molécula. Una proteína grande normalmente contiene varios tipos de estructura secundaria. Los segmentos de la cadena peptídica plegada se mantienen en posición mediante una serie de enlaces, de naturaleza débil en su mayoría, que se establecen entre residuos aminoacídicos y entre éstos y el entorno. Los enlaces pueden ser puentes de hidrógeno, interacciones hidrofóbicas, fuerzas de Van der Waals, e incluso enlaces covalentes a través de puentes disulfuro. La frontera entre estructura secundaria y terciaria resulta a veces muy difuminada, dependiendo del tipo de molécula que se esté analizando. Existe una clasificación morfológica de las proteínas en dos grupos denominadas proteínas fibrosas y proteínas globulares. Dentro de las fibrosas se encontrarían el colágeno, la queratina o la elastina, proteínas todas ellas que aportan resistencia y/o elasticidad a los medios donde se encuentran. En estas proteínas la conformación queda descrita analizando los dos niveles iniciales de estructura, ya que sus cadenas polipeptídicas tienen una secuencia única y repetitiva de hélice alfa. En cambio las proteínas globulares, que son las más abundantes, disponen de nivel de estructuración terciaria donde se describe la posición y estructura de cada segmento con una estructura secundaria característica. En éstas se describen diferentes regiones denominadas Dominios, que son cadenas de 50 a 350 aminoácidos, formadas por una combinación de hélices alfa y láminas beta, que adoptando diversas posiciones en el espacio dan lugar a una unidad globular. Estructura Cuaternaria: Muchas proteínas, en particular las que tienen pesos moleculares elevados, están formadas por varias cadenas polipeptídicas. A cada componente polipeptídico se le denomina subunidad. Las subunidades en un complejo proteínico pueden ser idénticas o bastante diferentes. Las subunidades polipeptídicas se ensamblan y se mantienen unidas por interacciones no covalentes, como el efecto hidrófobo, las interacciones electrostáticas y los enlaces de hidrógeno, y por entrecruzamientos covalentes. Como en el plegamiento proteínico, el efecto hidrófobo es claramente el más importante debido a que las estructuras de las superficies de interconexión complementarias entre las subunidades son semejantes a las observadas en el interior de los dominios de las proteínas globulares. UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.12 Aunque son menos numerosos, los entrecruzamientos covalentes estabilizan de forma significativa determinadas proteínas con múltiples subunidades. Entre los ejemplos más destacados se encuentran los puentes disulfuro de las inmunoglobulinas. Pérdida de la estructura proteínica Considerando las pequeñas diferencias de energía libre de las proteínas plegadas y desplegadas, no es sorprendente que la estructura proteínica sea muy sensible a los factores del entorno. Muchos agentes físicos y químicos pueden perturbar la conformación nativa de una proteína. El proceso de desorganización de la estructura se denomina desnaturalización. (Ésta en general no incluye la rotura de los enlaces peptídicos.) Dependiendo del grado de desnaturalización, la molécula puede perder de forma parcial o total su actividad biológica. La desnaturalización con frecuencia da lugar a cambios observables de las propiedades físicas de las proteínas. Por ejemplo, la albúmina de huevo (la clara) soluble y transparente se hace insoluble y opaca tras calentarla. Algunas condiciones desnaturalizantes son: los ácidos y bases fuertes, los solventes orgánicos, detergentes, agentes reductores (urea, mercaptoetanol), la concentración salina, los metales pesados, como el mercurio (Hg2+) y el plomo (Pb2+) Clasificación de las proteínas Además de su clasificación morfológica en proteínas fibrosas y globulares, existen otros criterios para su clasificación. Desde el punto de vista químico se las cataloga en dos grupos: 1) Proteínas simples, formadas únicamente por aminoácidos. 2) Proteínas conjugadas, en las que además de los aminoácidos, contienen otro tipo de moléculas denominados grupos prostéticos, recibiendo la fracción peptídica el nombre de apoproteína. Dependiendo de la naturaleza del grupo prostético, las proteínas conjugadas se clasifican en: a) Glicoproteínas, si es de naturaleza glucídica. b) Lipoproteínas, si es de naturaleza lipídica. c) Nucleoproteínas, asociadas a los ácidos nucleicos. d) Cromoproteínas, el grupo prostético es una molécula orgánica, porfirina, asociada normalmente con un átomo metálico. e) Fosfoproteínas: Su grupo prostético es un éster fosfato. f) Otras, con grupos muy variados, metales, vitaminas o derivados de las mismas, etc. UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA Escuela Superior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020 Pag.13 Plegamiento de proteínas y enfermedades humanas ¿Cuáles son los efectos del plegamiento incorrecto de proteínas en la salud humana? La acumulación de proteínas mal plegadas insolubles es una característica importante de varias enfermedades neurodegenerativas del ser humano. Esta acumulación de proteínas defectuosas impide el funcionamiento celular. Con el tiempo los agregados proteínicos causan la muerte de la célula. Las enfermedades de Alzheimer y de Huntington son ejemplos notables. A pesar de las diferencias en los sucesos que las inician, de las zonas específicas del cerebro que son afectadas y de los síntomas, ambas tienen en común procesos disfuncionales destructores de células iniciados por proteínas tóxicas. Una característica clave del inicio de la enfermedad es la conversión de la estructura proteínica normal, más a menudo hélices α y enrollamientos aleatorios, en conformaciones de lámina plegada β anormales. UNIVERSIDAD NACIONAL de MAR DEL PLATA EscuelaSuperior de MEDICINA Universidad Nadona.l de Mu del Pl.llt.1 Articulación Básico Clínico Comunitaria 1. Ciclo 2020
Compartir