Text Material Preview
UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DE PERNAMBUCO BACHARELADO EM ENGENHARIA FLORESTAL DEPARTAMENTO DE CIÊNCIA FLORESTAL ARIADNY AVELINO FARIAS DE ARAUJO AULA PRÁTICA: INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA - NCBI RECIFE - PE 2018 ARIADNY AVELINO FARIAS DE ARAUJO AULA PRÁTICA: INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA - NCBI Relatório acadêmico apresentado como requisito parcial para obtenção de aprovação na disciplina Genética Geral para o curso de Engenharia Florestal na Universidade Federal Rural de Pernambuco, UFRPE Profª. Drª. Luiza Semen RECIFE - PE 2018 Sumário 1. INTRODUÇÃO 2. OBJETIVO 3. MATERIAIS E METODOS 4. CONCLUSÃO 5. REFERÊNCIAS 1. INTRODUÇÃO A Bioinformática surgiu da junção da Biologia Molecular com a Informática a partir da necessidade de recursos computacionais mais eficientes para o armazenamento, interpretação e o processamento de dados devido ao aumento considerável na quantidade de sequências nucleotídicas (aumento gerado pelo desenvolvimento dos seqüenciadores automáticos de DNA). O site denominado NCBI ((National Center for Biotechnology Information) apresenta dados provenientes do sequenciamento de diversos projetos Genoma no seu GenBank, além disso também recolhe, trata e disponibiliza múltiplos outros tipos de informação relevantes para o desenvolvimento da Biotecnologia e possui um elevado índice de artigos de investigação na área biomédica. 2. OBJETIVO O objetivo dessa aula prática foi apresentar e explorar alguns dos mais populares recursos presentes no site do NCBI. 3. MATERIAIS E MÉTODOS a) Materiais: A aula foi realizada no Laboratório de Informática do Departamento de Biologia da UFRPE, onde utilizou-se dos computadores disponíveis e/ou computadores pessoais dos alunos além do acesso a internet. b) Métodos 1) Acessar o site do NCBI. » http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Ao entrar no site podemos observar alguns recursos disponíveis como: Submit (para submissão de dados ou manuscritos em algum banco de dados do NCBI), Download (transferir dados fornecido pelo site para o seu computador), Analyse (identificar uma ferramento do NCBI para sua atividade de análise de dados), PubMed, Blast e Nucleotide. 2) Explorar a ferramenta PubMed.» http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ Digitou-se palavras-chave (por ex., nome de um organismo + nome de uma proteína/gene). Utilizou-se: sugarcane + aquaporin e clicou-se no link de um dos artigos apresentados. 3) Explorar o BLAST. » https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Selecionou-se a opção Nucleotide BLAST e na caixa de texto, colamos a sequência abaixo e clicamos no botão BLAST. GGTCTGGGCCTGGGCCTGGATTCTGGTGTGGTGTAGGGTAGGCGTAGATAGATGAGTG GTCTAGGGTAGATACAGGGTAGCCAGAAGTCTGGTATATAGTATGGGGGTATAGGGTA GGTCTGGACACCGTTTTCCACTTCGCCCTTCCCTTTCGTCGAGGGAGGACGATCTTGGC TGGGACGGAGGTGTAGGGTAGGCTTAATTTACGATTACATGATCTGTGTCACTCTAGG GTAGGTGAAAATCCCATATATATCTGATCACATTTGGTGAAGAGGTGGTTTGGCTGGC GAGATGGACAAAAGTGCAATGTAGAATTATATGTGATTTTGCAAAAGTGGATGTGAAA TTGGAAAGTCGGTTTTCCCGCACAGATGAGAGCACGTTTGAGGTGCCATGAGATGCAC CTCTCCGAGATGACCTCAACGGTACCACCCATGTGTTGGTCGGGCTCCTGTGCGGCCGT CCAGGGCGGGATAAGTAGAGAATGTGGTGGTGTAGGGTAGGTGACCAGGTCCAGGGT Em Nucleotide Sequence, responda. Qual o tipo de molécula? Qual o seu tamanho? A molécula é um ácido nucléico e possui um comprimento de 523. Em Graphic Summary, responda. Qual a relação entre o código de cores e os scores de alinhamento? Baseado nesses critérios, o que você pode afirmar quanto à qualidade da sequência investigada (Query)? O gráfico é uma visão geral das sequências do banco de dados alinhadas à sequência de consulta. Estes são representados barras horizontais coloridas codificadas por pontuação e mostrando a extensão do alinhamento na seqüência de consulta. A sequencia investigada é de boa qualidade, pois tem um alto score. 4) Explorar a ferramenta Nucleotide. » http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ Digitar: XM_010063452. Observar as informações na tela (O que ela representa? Qual sua ID? Qual seu tamanho? Ela corresponde a que tipo de ácido nucleico? Onde foi publicada? Por quem? Quando?). Corresponde ao mRNA do Eucalyptus grandis alpha-amylase que possui 1722 bp e foi publicada Myburg AA et al., "O genoma de Eucalyptus grandis.", Nature , 2014 Jun 11; 510 (7505): 356-6 Em FEATURES, primeiramente clique em "gene" e depois em "CDS". Observe o que aconteceu. Você saberia explicar o significado de CDS? A região destacada diminuiu pois ao clicar em CDS realiza-se um recorte, mostrando apenas a região que realiza tradução. Clicar na opção FASTA (localizada no canto superior esquerdo). Salvar a sequência no computador (Send > File > Format: FASTA > Creat File). Qual o significado dessa expressão? Significa “enviar para”, ou seja, você consegue obter um arquivo com a sequência genomica desejada. 4. CONCLUSÃO É de suma importância conhecer todas as ferramentas que os bancos de dados nos apresentam, a fim de facilitar nas eventuais pesquisas e até mesmo para conhecimentos gerais, já que estão disponíveis tanto para pesquisadores quanto para o público em geral. Sendo a Bioinformática um tema em crescente ascensão é de caráter essencial o conhecimento das ferramentas disponíveis e de gratuita distribuição de informações. 5. REFERÊNCIAS GENEBIO UFBA, BLAST, Genebio – Genética e Bioinformática. Universidade Federal da Bahia – IMS/CAT. Disponível em http://www.genebio.ufba.br/?page_id=260 RIBEIRO, I. et AL; AULA PRÁTICA: INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA – NCBI; Departamento de Biologia – Área de Genética, Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE).
