150
Princípios de Bioquímica de Lehninger - 6ª Ed. 2014

Exercícios resolvidos: Princípios de Bioquímica de Lehninger - 6ª Ed. 2014

David L Nelson, Michael M MIBSN: 9788582710722

Elaborado por professores e especialistas

ALUNOS QUE TAMBÉM VISUALIZARAM

  • +27.469

Exercício

Modelagem de proteínas na internet. Um grupo de pacientes com a doença de Crohn (doença inflamatória do intestino) foi submetido à biópsia das mucosas intestinais para identificar o agente causador da doença. Os pesquisadores identificaram uma proteína que estava presente em níveis mais altos nos pacientes com a doença de Crohn do que em pacientes com outras doenças inflamatórias do intestino, ou no grupo controle. A proteína foi isolada, e a seguinte sequência parcial de aminoácidos foi obtida (leia da esquerda para a direita):

(a) Você pode identificar esta proteína utilizando um banco de dados de proteínas da Internet. Alguns bons lugares para começar sua busca incluem o Protein Information Resource (PIR; http://pir.georgetown.edu), o Structural Classification of Proteins (SCOP; http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop) e o Prosite (http://prosite.expasy.org).

No banco de dados selecionado por você, siga as indicações para a ferramenta de comparação de sequências. Coloque aproximadamente 30 resíduos da sequência da proteína no campo de busca adequado, e submeta-o para análise. O que essa análise lhe diz sobre a identidade da proteína?


(b) Tente utilizar diferentes porções da sequência de aminoácidos. Você sempre obtém o mesmo resultado?


(c) Uma grande variedade de sites da web fornece informações sobre a estrutura tridimensional das proteínas. Encontre informações sobre estruturas secundárias, terciárias e quaternárias da proteína utilizando bancos de dados como o Protein Data Bank (PDB; www.pdb.org) ou o SCOP.


(d) Durante sua busca na internet, o que você aprendeu sobre a função celular da proteína?

Passo 1 de 7keyboard_arrow_downkeyboard_arrow_up

Nesta questão, vamos colocar em prática nosso conhecimento sobre modelagem de proteína, sua estrutura e função celular. Vamos usar a internet como ferramenta para o desenvolvimento da solução por meio de consulta a um banco de dados. Como você sabe, os bancos de dados podem ser excepcionalmente informativos a respeito dos compostos de que a bioquímica trata, como a própria identidade das proteínas.

Passo 2 de 7keyboard_arrow_downkeyboard_arrow_up

O bando de dados de proteínas o PDB é uma ferramenta que arquiva todas as estruturas tridimensionais de macromoléculas biológicas, que foram descobertas através da ciência. Cada macromolécula, cada conjunto possui um código de identificação, afim de facilitar futuros trabalhos. Esta identificação é composta por quatro caracteres, sendo reconhecido como PDB ID, que expõem todas as coordenadas espaciais dos átomos a que pertencem cada molécula.

Reveja, na página 132, o Quadro 4.4 sobre o Protein Data Bank - PDB, o banco de dados de proteínas. Acompanhe a resolução!

Passo 3 de 7keyboard_arrow_downkeyboard_arrow_up

a)

Conforme o banco de dados, ao pesquisa a identidade da proteína para os seis primeiros grupos isolados, encontra-se um fator de 29,5% de ocorrência nos seres humanos, e tem como fator de transcrição NFkB, chamado também de RelA.

RelA é um fator de transcrição p65 conhecido como NF-kappa- B p65 subunidade. Nos mamíferos são encontrados 5 tipos de protéinas da família NF-kB, dentre elas se encontra a RelA responsável pelo gene RELA que envolve diversos processos biológicos.

Portanto, a resposta para este item é NFkB.

Passo 4 de 7keyboard_arrow_downkeyboard_arrow_up

b)

Como você já deve ter percebido, tentando no banco de dados por meio de porções diferentes da sequência de aminoácidos, não obtemos os mesmos resultados, embora eles sejam semelhantes, mas com proteínas adicionais listadas. Ao pesquisar o primeiro conjunto de porções composto por EAELCPDRCI já se pode observar uma caída da porcentagem de 29,5% do item anterior para 18,22% como peptídeo pertencente aos organismos humanos.

Portanto, a resposta para o item é que ele não é obtido.

Passo 5 de 7keyboard_arrow_downkeyboard_arrow_up

c)

Utilizando o banco de dados, descobrimos que a proteína é constituída por duas subunidades, nelas existem diversas variantes, sendo as mais bem definidas as de 50, 52 ou 65 kDa. Essas subunidades podem se parear e formar homodímeros ou heterodímeros. Essas estruturas variantes podem ser encontradas no PDB e suas diversas estruturas são definidas de acordo com as suas unidades, como se possuem ligantes que não são do grupo R, que permitam suas interações secundárias, ou que possuem grupo R e permitam suas interações terciárias. Assim quando encontramos protéinas constituídas de diversos grupos polipeptídicos se tornam quartenários.

Portanto, a resposta para o item é que suas estruturas dependem de suas subunidades peptídicas.

Passo 6 de 7keyboard_arrow_downkeyboard_arrow_up

d)

Como você já concluiu, o fator de transcrição NFkB é um dímero e se liga a sequências de DNA específicas, o que intensifica os genes próximos. Desses genes, um deles codifica a cadeia leve k da hemoglobina, por isso, recebem esse nome. Portanto, ao pesquisar sobre as cadeias peptídicas, obseva-se que muitos dos grupos de porções peptídicos fazem parte de varias proteínas, e estas proteínas cada uma fornece uma função biológica. Como exemplo as porções peptídicas que formam constituim a protéina RelA, tem como função captar sinais recpetores, ou seja, estímulos, como do estresse, antígenos virais, dentre outros.

Passo 7 de 7keyboard_arrow_downkeyboard_arrow_up

Portanto, a resposta para o item é que as protéinas tem função de transporte, receptoras, ação enzimática, dentre outros.

Depoimentos de estudantes que já assinaram o Exercícios Resolvidos

Nathalia Nascimento fez um comentárioCEFET/RJ • Engenharia
Foi um apoio àquelas aulas que não acabam totalmente com as dúvidas ou mesmo naquele momento de aprender o conteúdo sozinha. Além disso, dispensou a necessidade de um orientador e por isso, permitiu que eu estudasse em qualquer local e hora.
Valdivam Cardozo fez um comentárioUFRB • Engenharia
Tive uma sensação maior de autonomia nos estudos, as vezes era frustante não conseguir resolver uma determinada questão e nem sempre os professores corrigem as listas que passam.