Qual a diferença entre bis in idem e bitributação?

Bem primeiro vejamos o que seria a bi-tributação para compreender de uma forma mais simplista o bis in idem e poder versatiliza-lo e conceitua-lo dentro do contexto doutrinario e pratico que é o que nos interessa:

°Bitributação ocorre quando dois entes da federação, por meio de suas pessoas jurídicas de direito público, tributam o mesmo contribuinte sobre o mesmo fato gerador. Por exemplo, isso ocorre quando dois municípios pretendem cobrar ISS sobre um mesmo serviço prestado. 

agora vamos ao conceito de bis in idem:

°ocorre quando uma um pessoa juridica de direito publico tributa mais de uma vez, o mesmo sujeito passivo, sobre o mesmo fato gerador. dessa forma não sendo inconstitucional, pois não há vedação expressa ao seu contexto.

Agora vamos a pratica, em direito tributário deve-se observar, não somente o fato gerador, mais os sujeitos que incidem o tributo, dessa forma, para na pratica sabermos quantas pessoas e quantos fatores (impostos) devem ser cobrados e e por quem devem ser.

para melhores explicações e a termo de fonte:

http://www.portaltributario.com.br/artigos/diferenca-entre-bitributacao-e-bis-in-idem.htm

http://direitotributarioatualizado.blogspot.com.br/2011/01/bitributacao-x-bis-in-idem.html

Espero poder ter ajudado.

Ocorre o bis in idem quando uma pessoa jurídica de direito público tributa mais de uma vez o mesmo sujeito passivo sobre o mesmo fato gerador.

Ocorre a bitributação quando entes tributantes diversos exigem do mesmo sujeito passivo tributos decorrentes do mesmo fato gerador.