http://www.academia.edu/28531899/Compartimenta%C3%A7%C3%A3o_de_Vias_Metab%C3%B3licas
Achei este artigo que fala sobre a compartimentação das vias metabólicas.
Creio que nele tem essa resposta.
As enzimas que catalisam as reações individuais têm frequentemente diferentes temperaturas e pH ótimos e, se houvesse apenas um compartimento celular, uma parte das enzimas provavelmente não funcionaria ou as reações catalisadas não seriam suficientemente eficientes. Ao dividir o espaço celular, são criadas condições ótimas para reações individuais catalisadas enzimaticamente.
Ao mesmo tempo, as células também se protegem contra a atividade de enzimas líticas . Por exemplo, selar a digestão celular nos lisossomas evita uma auto-digestão indesejada de outras organelas dentro da célula. Um processo comum que acompanha o rompimento de alguns dos compartimentos (como o derramamento do conteúdo de lisossomos ou mitocôndrias) é a necrose ou a ativação da apoptose (o processo de morte celular programada).
A compartimentalização também afeta a regulação das vias metabólicas , tornando-as mais precisas e direcionadas e interferindo menos umas com as outras. Por vezes, é possível regular o curso da reação, no ponto de entrada de especial substrato para o compartimento (o transporte através da membrana, muitas vezes mediada por mecanismos de transporte).
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