Desaparecimento de servidor federal há mais de 20 anos. Como proceder?

sim

Não é preciso que se declare a morte presumida. A ausência do servidor por 30 dias consecutivos ou 60 dias intercalados (num período de 12 meses) provavelmente gerará um Processo Administrativo Disciplinar que acarretará na demissão do servidor, nos termos dos art.s 138 e 139 c/c 132, II e III, da Lei 8112/90.

Art. 138.  Configura abandono de cargo a ausência intencional do servidor ao serviço por mais de trinta dias consecutivos.

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Art. 139.  Entende-se por inassiduidade habitual a falta ao serviço, sem causa justificada, por sessenta dias, interpoladamente, durante o período de doze meses.

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Art. 132.  A demissão será aplicada nos seguintes casos:

II - abandono de cargo;

III - inassiduidade habitual;

Certo é que se o servidor reaparecer e comprovar que sua ausência não foi intencional (um sequestro, por exemplo), poderá requerer sua reintegração, conforme indica o art. 28, da Lei 8112/90.

Art. 28.  A reintegração é a reinvestidura do servidor estável no cargo anteriormente ocupado, ou no cargo resultante de sua transformação, quando invalidada a sua demissão por decisão administrativa ou judicial, com ressarcimento de todas as vantagens.