Vamos analisar cada uma das alternativas para identificar qual apresenta erro de pontuação: a) A casa creio que já está alugada. - Aqui falta uma vírgula após "casa", pois a frase "creio que já está alugada" é uma oração explicativa. Portanto, essa opção tem erro de pontuação. b) Eu sabia, mas não podia falar. - Esta frase está correta, pois a vírgula antes de "mas" está bem colocada. c) O Papa, que mora em Roma, tem visitado vários países. - A pontuação está correta, pois as vírgulas estão usadas para isolar a oração explicativa. d) Eu diria que as árvores pensam. - Esta frase está correta e não apresenta erro de pontuação. e) Sabedor, nunca o fui. - A pontuação está correta, pois a vírgula é usada para dar ênfase. Portanto, a alternativa que apresenta erro de pontuação é: a) A casa creio que já está alugada.