O juiz pode condenar um acusado com base somente em indícios?

Indícios são as circunstâncias conhecidas e provadas, que tendo relação com o fato, autorizam, por indução, concluir-se a existência de outra ou outras circunstâncias, com fulcro no  artigo 239 do CPP. São equivalentes a qualquer outro meio de prova, pois a certeza pode deles provir. "Para que embasem condenação, porém, exige-se que se mostrem encadeados entre si e unívocos." Rogerio Greco

Não.

De acordo com o artigo 386 do Código de Processo Penal, o juiz deverá absolver o réu nos seguintes casos:

I - estar provada a inexistência do fato;

II - não haver prova da existência do fato;

 III - não constituir o fato infração penal;

IV –  estar provado que o réu não concorreu para a infração penal; 

V – não existir prova de ter o réu concorrido para a infração penal;

VI – existirem circunstâncias que excluam o crime ou isentem o réu de pena (arts. 20, 21, 22, 23, 26 e § 1^o do art. 28, todos do Código Penal), ou mesmo se houver fundada dúvida sobre sua existência;

VII – não existir prova suficiente para a condenação.

A sua pergunta se enquadra no último inciso. Se só existem indícios e nenhuma prova, o juiz deve absolver o réu.

Ademais, deve-se respeitar o princípio do "in dubio pro reo", que prega que, em caso de dúvida, a absolvição do réu é a medida que se impõe. Se só há indícios, há dúvida.

É isto.

O juíz pode sim ater-se às Provas Indiciárias, que conforme jurisprudência e o previsto no Art. 239 do CPP, as provas indiciárias, desde que, não havendo provas em contrário, deverão ser admitidas com força de prova objetiva. Devemos nos ater que, a admissão de provas indiciárias é muito sensível no que tange aos preceitos de justiça, portanto, a admissão de provas indiciárias deve ser um passo muito cauteloso por parte do juiz, que na impossibilidade de obtenção de outras provas objetivas e concretas, deverá se ater às provas indiciárias desde que essas estejam harmoniosas e provadas, havendo relação entre si e com o fato em si, e capazes de atingir o convencimento absoluto do juiz. Cite-se:

"Na prova indiciária, mais do que em qualquer outra, intervêm a inteligência e a
lógica do juiz. A prova indiciária pressupõe um facto, demonstrado através de uma
prova directa, ao qual se associa uma regra da ciência, uma máxima da experiência ou
uma regra de sentido comum. Este facto indiciante permite a elaboração de um factoconsequência em virtude de uma ligação racional e lógica (v.g., a prova directa –
impressão digital – colocada no objecto furtado permite presumir que o seu autor está
relacionado com o furto; da mesma forma, o sémen do suspeito na vítima de violação)." CABRAL, José António Henriques dos Santos. Prova indiciária e as novas formas de criminalidade. n.p. Coimbra, 2011.

Assim, as provas indiciárias são parte do livre convencimento do juiz, devendo haver análise plausível quanto à sua origem, mas comprovadas suas relações com o crime, nada impede de serem admitidas como provas e sustentarem uma condenação.

Espero ter ajudado.

Referências e Fontes:

http://www.stj.pt/ficheiros/estudos/provaindiciarianovasformascriminalidade.pdf

http://www.dji.com.br/codigos/1941_dl_003689_cpp/cpp239.htm

http://trf-2.jusbrasil.com.br/jurisprudencia/9088446/apelacao-criminal-acr-200951018009300-rj-20095101800930-0

http://trf-2.jusbrasil.com.br/jurisprudencia/23481478/acr-apelacao-criminal-apr-200951018009300-trf2