Vamos analisar cada asserção: I - Os jesuítas desenvolveram o "Ratio atque Instituto": cuidadoso manual para orientar a prática pedagógica. Verdadeiro, essa afirmação está correta, pois os jesuítas realmente criaram esse manual para guiar a educação. II - Os jesuítas não aceitavam tratar das descobertas científicas, pelo contrário, ignoravam-nas. Falso, essa afirmação é incorreta. Os jesuítas estavam envolvidos com a ciência e muitas vezes contribuíram para o desenvolvimento científico. III - A Companhia de Jesus era puramente de inspiração religiosa e buscava formar um indivíduo em sua totalidade. Verdadeiro, essa afirmação é correta, pois a Companhia de Jesus tinha um enfoque integral na formação do indivíduo, incluindo aspectos religiosos, intelectuais e morais. Com base na análise, as asserções verdadeiras são I e III. Portanto, a alternativa correta que contém todas as asserções verdadeiras é: nenhuma das opções apresentadas. Se precisar de mais ajuda, é só avisar!