Vamos analisar cada uma das alternativas para identificar a correta, considerando o que diz o Código Penal Militar e as normas aplicáveis: A) O Código Penal Militar se aplica apenas aos militares da ativa, não abrangendo os militares da reserva remunerada, em nenhuma hipótese. - Esta afirmação é incorreta, pois o Código Penal Militar também se aplica a militares da reserva em certas situações. B) Os alunos de órgãos de formação de militares estaduais estão sujeitos às normas e regulamentos das unidades escolares, mas as anotações disciplinares desses alunos constarão em seus assentamentos funcionais após a formação. - Esta afirmação é parcialmente correta, mas não reflete a totalidade do que é estabelecido, pois as anotações disciplinares não costumam constar nos assentamentos funcionais. C) A expressão 'Comandante' no contexto do Código Penal Militar abrange apenas os militares estaduais que possuam patente de oficial e exerçam funções de Comando em unidades militares. - Esta afirmação é restritiva e não abrange a totalidade do que a expressão pode incluir. D) O Código Penal Militar se aplica aos militares da ativa e, em casos específicos, aos militares da reserva remunerada, além de estabelecer que alunos de órgãos de formação militar estão sujeitos aos regulamentos das unidades escolares, sem que eventuais alterações disciplinares constem nos assentamentos funcionais após a formação. - Esta alternativa é a mais completa e correta, pois reflete a aplicação do Código Penal Militar e a situação dos alunos de formação. Portanto, a alternativa correta é: D.