O bioma que abrange parte da região hidrográfica do Tocantins-Araguaia é o Cerrado. Ele é considerado frágil devido à sua biodiversidade única e à pressão de atividades humanas, como a agricultura e a pecuária, que podem levar à degradação do solo e à perda de espécies. O Cerrado é importante nessa região hidrográfica porque desempenha um papel crucial na regulação do ciclo da água, na conservação do solo e na manutenção da biodiversidade, além de ser uma fonte de recursos hídricos para os rios Tocantins e Araguaia.