A cadeia respiratória pode operar independente da fosforilação oxidativa?

Se você se refere a cadeia transportadora de elétrons funcionar independentemente da fosforilação oxidativa a resposta é sim, pode, o exemplo mais comum é com aproteína termogenina. Presentes em mamíferos hibernantese, em humanos é expressa no tecido adiposo marrom existente apenas nos recém nascidos, essa proteína corresponde a uma via alternativa à fosforilação oxidativa (que gera ATP) para o gradiente elétroquímico de prótons no espaço intermembrana gerado durante o transporte de elétrons pela membrna mitocôndrial interna, nesse caso, nesse caso o fluxo de prótons de volta para a matriz gera apenas liberação de nenergia calorífica, por isso sua importância é mais notável em animais hibernantes. 

Os dois nomes são encontrados na literatura. Como o Anderson já disse, é possível sim. Contudo, neste caso, toda a energia química armazenada no gradiente eletroquímica de H+ presente no espeço intermembranas será dissipada na forma de calor, não havendo produção de ATP. Além da termogeninas, existem outras proteínas desacopladoras (assim chamadas, uma vez que dissociam a função de carreamento de eletróns da fosforilação oxidativa) que estão presentes no organismo, pricipalmente no tecido adiposo. A ressalva é que a termigenina, um exemplo de proteína desacopladores, está presente no tecido adiposo dos recém-nascidos, mas ainda pode ser encontrada em adultos, embora em quantidades mínimas.