Existem sistemas comerciais com programação estruturada?

Olha depende do porte da aplicação. Geralmente os sistemas possuem dezenas ou até centenas de mihares de linhas de código. Por exemplo meu ultimo estágio, numa empresa de pequeno porte, a aplicação do produto da empresa tinha mais de 120 mil linhas de código. Minha empresa atual, atualmente estou como Desenvolvedor Jr. nem pude contar, pois eles não usam o Visual Studio Enterprise, que tem essa ferramenta que conta as linhas de código na aplicação, mas chuto que seja no mesmo nivel ou mais!

Isso em programação estruturada ficaria uma zona total, dificil de organizar ou reaproveitar código (até orientação objetos, se mal feita, dificulta o desenolvimento - e não é difícil de se ver por aí maus programadores em orientação a objeto). Além do paradigma entra os designs patterns e a arquitetura de software para auxiliar a construção de um bom código. Em programação estruturada o mesmo projeto ficaria ainda maior e mais dificil de se manter.

Atualmente programação estruturada perdeu espaço completamente. Uma área onde a programação estruturada ainda é amplamente usada é a automação e a robótica, com a linguagem C. O framework mais famoso da atualidade onde a programação estruturada pode ser aplicada, é o Arduíno por exemplo.

Para projetos maiores, o paradigma que reina atualmente no mercado  é a Orientação a Objetos, por questões de organização, mantenibilidade, custos etc... Um outro paradigma que vem ganhando força atualmente é a Programação Funcional especialmente nas áreas de Estatística, Data Science, Big Data, Inteligencia Artificial.