O poder legislativo em alguma hipótese faz controle de mérito do poder executivo?

Somente nos casos excepcionais descritos na Constituição.

"Art. 49. É da competência exclusiva do Congresso Nacional:

IV - aprovar o estado de defesa e a intervenção federal, autorizar o estado de sítio, ou suspender qualquer uma dessas medidas;

           V - sustar os atos normativos do Poder Executivo que exorbitem do poder regulamentar ou dos limites de delegação legislativa;

           X - fiscalizar e controlar, diretamente, ou por qualquer de suas Casas, os atos do Poder Executivo, incluídos os da administração indireta;"

De fato, o controle legislativo tem atribuição de controle do poder executivo, conforme o sistema de freios e contrapesos (cheks and balances), que é adotado no Brasil. Tal sistema, tem por finalidade impedir que um poder, no caso em comento o Executivo, usurpe sua competência, mantendo a ordem e harmônia entre os poderes, evitando que o Poder exorbite sua órbita de atuação.