por que o agravo de instrumento tem precedência sobre a apelação?

Olá Rodrigo.

Primeiramente, cumpre consignar que são institutos que possuem aplicação diferenciada.

Apelação, cabe somente de sentença, por isso, via de regra, é utilizada apenas na parte final do processo, quando a parte sucumbida pleiteia, em instância superior, a reforma da decisão prolatada pelo Juízo "a quo", por exemplo: a parte foi condenada ao pagamento de R$ 20.000,00 e, no curso do prazo para recurso, interpõe apelação à instância superior, no intuito de refutar tal decisão.

O Agravo de Instrumento é um recurso utilizado para recorrer de quaisquer atos do Juiz, dentro do processo, que possuam caráter decisório, como por exemplo o deferimento ou não de uma liminar; de uma prova pericial; etc.

Dessa forma, não caberia apelação no indeferimento de uma liminar, tampouco agravo de instrumento em sentença condenatória, pois divergem as naturezas.

Por isso, via de regra, o agravo de instrumento tem "precedência" ou é utilizado antes do recurso de apelação, justamente por sua essência recursal.