O alinhamento local de sequências é uma técnica utilizada para identificar regiões de similaridade entre sequências biológicas que podem não ser globalmente semelhantes. Ao contrário do alinhamento global, que tenta alinhar duas sequências inteiras, o alinhamento local foca em encontrar a melhor correspondência em partes específicas das sequências. Isso é especialmente útil quando se está comparando sequências que podem ter regiões conservadas (semelhanças) intercaladas com regiões muito diferentes. O algoritmo de Smith-Waterman é um exemplo clássico utilizado para realizar alinhamentos locais.