A auditoria em saúde deve priorizar a confidencialidade das informações auditadas, sendo liberada a divulgação de resultados somente após consulta aos gestores responsáveis e à equipe de auditoria. O auditor em saúde deve sempre questionar os resultados da auditoria, mesmo que tenha ocorrido aprovação prévia dos procedimentos, para garantir a conformidade com todas as normas e princípios éticos estabelecidos pelo SUS. Os auditores podem liberar informações confidenciais quando solicitado por um gestor da unidade de saúde, desde que isso facilite a tomada de decisão e o andamento dos processos administrativos. Ceticismo e julgamento profissional são qualidades opcionais para o auditor em saúde, uma vez que o foco principal da auditoria é a comprovação financeira e não os processos clínicos ou assistenciais. O auditor em saúde deve sempre basear suas conclusões nas opiniões dos gestores da unidade auditada, uma vez que esses profissionais conhecem melhor as necessidades e particularidades da instituição.