O medo condicionado é um fenômeno mediado pela amígdala e permite que estímulos inexpressivos sej associados a situações potencialmente perigosas vividas no passado. Por exemplo, se uma pessoa sofre acidente em determinado local, quando passar por ele, sentirá medo. Em experimentos feitos com macac que sofreram lesões bilaterais da amígdala, foi confirmada a participação da estrutura na criação do med condicionado. Dessa maneira, ao serem expostos a uma cobra sintética, macacos com lesões da amigdal: uma sala fechada agem da seguinte maneira: