Vamos analisar cada uma das opções para verificar se as palavras compostas por prefixos estão grafadas corretamente, de acordo com as regras de hifenização: A. "O anti-inflamatório foi eficaz, mas a micro-infecção persistiu." - Aqui, "anti-inflamatório" está correto, mas "micro-infecção" não está, pois o correto seria "microinfecção" (sem hífen). B. "Ele fez um auto-retrato e, em sua mente, se via como um super-herói." - "Auto-retrato" está correto, e "super-herói" também está correto. C. "Era um claro contra-senso usar uma minissaia em um evento tão formal." - "Contra-senso" está correto, mas "minissaia" não está, pois o correto é "minissaia" (sem hífen). D. "O vice-reitor apresentou um plano de longo prazo para a autoescola." - "Vice-reitor" e "autoescola" estão corretos. E. "O microondas quebrou, e isso comprometeu toda a infra-estrutura da cozinha." - "Microondas" está correto, mas "infra-estrutura" não está, pois o correto é "infraestrutura" (sem hífen). Após essa análise, a única frase em que todas as palavras compostas por prefixos estão grafadas corretamente é a opção D: "O vice-reitor apresentou um plano de longo prazo para a autoescola." Portanto, a resposta correta é a letra D.