As manchas solares possuem uma coloração mais escura porque são regiões do Sol que são mais frias do que a fotosfera circundante. Elas têm temperaturas mais baixas, geralmente em torno de 3.000 a 4.000 graus Celsius, enquanto a fotosfera tem cerca de 5.500 graus Celsius. Essa diferença de temperatura faz com que as manchas solares emitam menos luz, resultando em sua aparência mais escura. Além disso, as manchas solares estão associadas ao campo magnético do Sol, que inibe a convecção do plasma, contribuindo para essa redução de temperatura.