O estabelecimento empresarial pode ser desconcentrado em filiais? Fundamente sua resposta

Sim, pois o estabelecimento empresarial é um complexo de bens (corpóreos e incorpóreos) destinados ao exercício da empresa, não se vinculando ao local em si. Não há óbice, portanto, à desconcentração em filiais. 

Entretanto devemos levar em consideração que filiais possuem personalidade juridica propria para fins tributários e dispõem de CNPJ específico para lidar nessa razão.

Sim, pode. As filiais estão previstas no próprio Código Civil, no art. 1.099:

Art. 1.099. Diz-se coligada ou filiada a sociedade de cujo capital outra sociedade participa com dez por cento ou mais, do capital da outra, sem controlá-la.

É importante destacar que, apesar da existência das filiais, o patrimônio da sociedade é considerado como um todo, e não como se fosse separado por cada filial.

Além disso, o artigo 1.000, do Código Civil, prevê regra sobre o registro das filiais:

Art. 1.000. A sociedade simples que instituir sucursal, filial ou agência na circunscrição de outro Registro Civil das Pessoas Jurídicas, neste deverá também inscrevê-la, com a prova da inscrição originária.

Parágrafo único. Em qualquer caso, a constituição da sucursal, filial ou agência deverá ser averbada no Registro Civil da respectiva sede.