As proteínas possuem várias camadas de estrutura, cada uma das quais é importante no processo de dobragem de proteínas. O primeiro nível mais básico, se esta estrutura é a seqüência de aminoácidos em si. O sequenciamento é importante porque determina os tipos de interações observadas na proteína quando ela é dobrada.
Um novo método baseado em seqüências baseado na suposição de que as interações proteína-proteína estão mais relacionadas aos aminoácidos na superfície do que aqueles no núcleo. As interações dos aminoácidos determinarão qual será a estrutura secundária e terciária da proteína. A próxima camada na estrutura da proteína é a estrutura secundária. A estrutura secundária inclui estruturas arquitetônicas que se estendem em uma dimensão. As α-hélices formam a espinha dorsal das proteínas e ajudam a o processo de dobragem. As folhas β formam-se de duas maneiras distintas.
Eles são capazes de formar em folhas plissadas β paralelas e em placas plissadas β paralelas. Quando a α-hélice ou a folha β são formadas, os volumes excluídos gerados pelo backbone e pelas cadeias laterais se sobrepõem, levando a um aumento no volume total disponível para o deslocamento translacional das moléculas de água.
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