o termo direitos civis como comumente empregado pelos instrumentos internacionais de direitos humanos significa direito decorrente do código civil?

Não. Direitos civis corresponde à 

primeira geração de direitos fundamentais.

Está relacionado, mais especificamente, com imposição de

abstenções ao Estado.

São direitos de liberdade, de cidadania, dentre outros.

Para mais informações,

vide obra de DIRLEY DA CUNHA, "DIREITO CONSTITUCIONAL".

Outro bom livro é o do PAULO BONAVIDES: "CURSO DE DIREITO CONSTITUCIONAL".

Atenciosamente,

Manoel Sá

https://www.passeidireto.com/arquivo/1862339/curso-de-direito-constitucional---paulo-bonavides

Não.

Os direitos civis referem-se às liberdades individuais, como o direito de ir e vir, de dispor do próprio corpo, o direito à vida, à liberdade de expressão, à propriedade, à igualdade perante a lei, a não ser julgado fora de um processo regular, entre outros.

Já o Código Civil é uma norma reguladora dos direitos e obrigações de ordem privada concernente às pessoas, aos seus direitos e obrigações, aos bens e às suas relações, enquanto membros da sociedade.