o DNA mitocondrial entra como uma porcentagem do novo DNA do zigoto? Porque se for assim, não seria 50% do pai e 50% da mãe, pois o DNA mitocondrial

O DNA mitocondrial herdado é apenas o materno. pois na fecundação, apenas a cabeça do espermatozóide penetra no óvulo. Como as mitocôndrias do gameta masculino ficam na peça intermediária (sendo responsável por dar energia para movimento do flagelo), não penetram no óvulo. Assim, quando ocorrer a fertilização, o zigoto formado terá apenas mitocôndrias de origem materna.

se não me engano, o DNA materno é o mitocrondial...

DNA mitocondrial e DNA nuclear são materiais genéticos distintos. Portanto ao assinalar porcentagens você deve estabelecer qual dos materiais genéticos estão sendo levados em conta. Pois, dessa forma 100% do DNA mitocondrial do zigoto é materno, enquanto que a porcentagem de DNA nuclear é dividida em 50% materna e 50% paterna.