Ele foi um naturalista e botânico alemão conhecido pelos estudos com algas, fungos e bactérias, além de ser considerado um dos fundadores da bacteriologia. Em 1866, fundou o primeiro instituto de fisiologia vegetal do mundo e ali se dedicou ao estudo das bactérias. Verificou que existem muitos tipos de microrganismos, com formas e órgãos funcionais distintos, e deu-lhes classificação sistemática. Descobriu também, em certas bactérias, os chamados endósporos (esporos que se formam no interior de células). Essa descoberta fez ruir a teoria da geração espontânea e permitiu o desenvolvimento de técnicas de esterilização. Pioneiro da bacteriologia, Ferdinand Cohn contribuiu, ao lado de Louis Pasteur e John Tyndall, para derrubar a teoria da geração espontânea, segundo a qual os organismos vivos são capazes de desenvolver-se a partir da matéria inorgânica.