http://www.klickeducacao.com.br/bcoresp/bcoresp_mostra/0,6674,POR-853-8589,00.html
Acho que aqui explica bem as diferenças
*Semelhanças em negrito
*Diferenças em vermelho
NAD+ e FAD+ são agentes oxidantes que participam da respiração celular, recebendo hidrogênios, se tornando NADH e FADH2.
NAD, ou Nicotinamida Adenosina Dinucleotídeo é composto de uma adenosina ligada por dois fosfatos a uma outra ribose, ligada a uma Nicotinamida (vitamina B3):
O FAD, Flavina adenosina dinucleotídeo, também apresenta uma adenosina ligada por dois fosfatos a uma riboflavina (vitamina B2):
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