Heterocromatina é a parte da cromatina condensada,ou seja, inactiva. 

Quando os cromómeros são tratados com substâncias químicas que reagem com o DNA, como o corante de Feulgen, são reveladas visualmente regiões distintas com características de coloração diferentes. As regiões densamente coradas são chamadas de heterocromatina, e as regiões pouco coradas são chamadas de eucromatina. A distinção reflecte o grau de compactação ou helicoidização do DNA no cromossoma. A heterocromatina pode ser constitutiva ou facultativa. O tipo constitutivo é uma característica permanente de um local cromossómico específico como o nome sugere, é às vezes, mas nem sempre, encontrado num local cromossómico em particular. Os padrões de heterocromatina e eucromatina ao longo de um cromossoma são bons marcadores citogenéticos. 

Apresenta o material genético mais compactado e aparece com maior frequência no núcleo denso (parte mais escura da cromatina) e existe em maior quantidade em células menos activas. 

Cromatina 

Em biologia, chama-se cromatina ao complexo de DNA e proteínas (que juntas denomina-se cromossoma) que se encontra dentro do núcleo celular nas células eucarióticas. Os ácidos nucléicos encontram-se geralmente na forma de dupla-hélice. As principais proteínas da cromatina são as histonas. As histonas H2A, H2B, H3 e H4 unem-se, formando um octâmero denominado nucleossoma, enquanto que a histona H1 une os nucleossomas adjacentes, "empacotando-os". 

Numa célula eucariótica, quase todo o DNA está compactado na cromatina. O DNA é "empacotado" na cromatina para diminuir o tamanho da molécula (de DNA), e para permitir maior controle por parte da célula de tais genes. Grande parte da cromatina é localizada na periferia do núcleo, possivelmente pelo fato de uma das principais proteínas associadas com a heterocromatina ligar-se a uma proteína da membrana nuclear interna. 

Conhecem-se dois tipos de cromatina: 

Eucromatina, que consiste em DNA ativo, ou seja, que pode-se expressar como proteinas e enzimas. 
Heterocromatina, que consiste em DNA inativo e que parece ter funções estruturais durante o ciclo celular. Podem ainda distinguir-se dois tipos de heterocromatina: 
Heterocromatina constitutiva, que nunca se expressa como proteínas e que se encontra localizada à volta do centrómero (contem geralmente sequências repetitivas); e 
Heterocromatina facultativa, que, por vezes, é transcrita em outros tipos celulares, consequentemente a sua quantidade varia dependendo da atividade transcricional da célula.

Cromatina é um filamento pouco condensado constituído por DNA associado a proteínas chamadas histonas.

A cromatina participa do controle de empacotamento na mitose e regulação de atividade (replicação/transcrição)

.A heterocromatina é a região mais condensada da cromatina, seus genes estão inativos.

Já a eucromatina é a região menos condensada, onde encontramos os genes transcritos.