Uma proteína é classificada de acordo com 4 níveis estruturais, a saber: nível primeiro, nível secundário, nível terciário e, finalmente, nível quaternário. Vamos abordar as ligações presentes em cada nível estrutural.
O nível primário se refere à sequência linear na qual os aminoácidos que compoẽm a proteína se encontram. Note que, neste estágio, só estudamos a ligação entre aminoácidos, que é denominada ligação peptídica. Essa ligação é de natureza covalente.
O nível secundário é dado pela conformação espacial adquirida pela proteína ao fazer ligações entre seus aminácidos por meio de pontes de hidrogênio. Essa ligação é uma interação molecular entre dipolos. Configurações como alfa-hélice e beta-folha são exemplos de estrutura secundária.
O nível terciário é a conformação obtida pelo dobramento da cadeia de aminoácidos a partir de si mesma. Veja que é dado o nome de enovelamento global da proteína à configuração específica que ela assume (que é determinante de suas funções). Neste nível existem mais tipos de interações, como repulsão hidrofóbica, forças de Van der Waals, ligações eletrostáticas e pontes de hidrogênio.
O nível quaternário existe em algumas proteínas e em outras não. Isso ocorre porque esta estrutura se refere à configuração global da proteína quando ela é formada por mais de uma cadeia polipeptídica (denominadas subunidades). Pode ser uma configuração entre cadeias iguais ou diferentes. Neste nível estão presentes os mesmos tipos de ligações envolvidas no nível terciário, por se tratar de relações entre diferentes cadeias polipeptídicas.
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