Qual a dificuldade que ocorre quando a infecção se localiza em uma região do organismo que contém microbiota normal?

Como é um lugar que contém bactérias, a microbiota normal pode acabar se proliferando e gerando infecções secundárias. A infecção primária acaba por vencer a competividade contra bactérias inofensivas da microbiota normal, gerando infecções, sendo oportunistas. Devido a ser uma área contaminada, a infecção é alta.

Descobriu-se que a microbiota é crucial para a homeostase imunológica, hormonal e metabólica de seu hospedeiro. O termo sinônimo microbioma descreve os genomas coletivos dos microrganismos que residem em um nicho ambiental ou os próprios microrganismos.