A massa atômica de um elemento químico é baseada na média ponderada das massas de seus isótopos em unidades de massa atômica (u).

Ou seja há vários isótopos na natureza e é feito uma média ponderada, que leva em consideração as abundâncias relativas desses isótopos, para ser usado como a massa atômica.

Assim, a massa atômica é uma média dos diversos isótopos que existem na natureza sendo levada em consideração a sua quantidade existente.

Por exemplo, o cobre é encontrado de duas formas na natureza:

\(69,09\%\) de cobre (\(A=63\)), com massa atômica = \(62,93u\)
\(30,91\%\) de cobre (\(A=65\)), com massa atômica = \(64,93u\)

Assim

\(\frac{(69,09 \:\:.\:\: 62,93)+(30,91 \:\:.\:\: 64,93)}{100} =63,55u \)

É por isso que eles ficam tão longe de numeros inteiros, porque como há mais de uma forma na natureza, temos que fazer média ponderada.