O tamanho de uma proteína se refere ao número de aminoácidos ela possui em sua cadeia. Deve-se ter em mente, no entanto, que essa característica influencia diretamente em outras, as quais possuem ligação direta com a função biológica da proteína.
Note que, quanto maior o tamanho de uma proteína, existem mais configurações geométricas distintas as quais podem ser adquiridas por ela. Tais configurações geométricas, também chamadas de arranjos tridimensionais ou conformações espaciais, promovem um dobramento peculiar da cadeia polipeptídica.
Veja que a conformação espacial de uma proteína determina a afinidade que ela possui em relação a outras moléculas. É o mesmo que dizer que tal configuração determina se tal proteína se liga a uma dada espécie química ou não. É, portanto, este o ponto crucial da importância do arranjo tridimensional. A função exercida por cada proteína muda de acordo com as moléculas às quais ela se liga.
Um exemplo clássico é o das enzimas (que são, em sua maioria, proteínas). É sua configuração geométrica a responsável por determinar quais são os compostos os quais a enzima possui afinidade. Desta forma, para que a enzima realize sua função catalítica numa reação, é necessário que ela seja geométricamente compatível (isto é, possua afinidade) aos compostos reagentes envolvidos na reação.
Conclui-se, então, que o tamanho das proteínas influencia na conformação espacial por elas adquirida, a qual está intimamente relacionada à sua função biológica.
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