As doenças, as deficiências físicas ou a idade avançada são causa de incapacidade civil?

Por si sós, não. Somente se impedirem a manifestação ou a transmissão da
livre vontade do doente, do deficiente ou do idoso.

Nenhuma das circunstâncias citadas trazem ao indivíduo a incapacidade civil. O que pode acontecer é que, por conta dos sintomas, gravidade ou desenvolvimento da doença, ou devido à debilidade mental advinda de problemas degenerativos que acompanham a idade avançada, o indivíduo perca ou tenha reduzido o seu discernimento, casos em que estará configurada a incapacidade relativa ou absoluta, respectivamente.

Deficiências físicas em hipótese alguma trariam a incapacidade civil, visto que só afetam a integridade física, e não o discernimento.

É o que asseveram os arts 3º e 4º do Código Civil:

Art.3º - São absolutamente incapazes de exercer pessoalmente os atos da vida civil:

II - os que, por enfermidade ou deficiência mental, não tiverem o necessário discernimento para a prática desses atos;

III - os que, mesmo por causa transitória, não puderem exprimir sua vontade.

Art. 4º - São incapazes, relativamente a certos atos, ou à maneira de os exercer:

II - os ébrios habituais, os viciados em tóxicos, e os que, por deficiência mental, tenham o discernimento reduzido

Concordo com o Cristiano.

Apenas se interferir na sua propria vontade.