Uma Emenda Constitucional pode mudar a forma federativa do Brasil?

Não. O princípio federativo está entre as cláusulas pétreas, imodificáveis por emenda, conforme o § 4º, art. 60, CF. 

O Poder Constituinte Reformardor, outros preferem chama-lo de Poder Constituído Reformado, tem o seu poder limitado pelo Poder Constituinte Originário. Há limitação formal, que é o quorum de 3/5 em 2 turnos nas  2 casas legislativas, há limitação circunstancial que é a impossibilidade de alteção no estado de sitio, de defesa e intervenção federal, além de uma limitação circunstancial-temporal (há divergencia quanto ao nome) que é a impossibilidade de reapresentação da emenda na mesma sessao legislativa. Por fim, há limitaçÕes materiais implicitas e explícitas. a forma federativa, a separacao dos poderes, os direitos e garantais individuais ..são algumas das limitações materiais. enquanto viger a CF88 não se admite emendas tendentes `a abolir esses princípios

Não. 

Segundo o artigo 60, § 4º, I, não será objeto de deliberação a proposta de emenda tendente a abolir a forma federativa de Estado. Trata-se de cláusula pétrea.