Uma pessoa jurídica pode ser polo passivo em uma ação penal?

Pode sim, quem responde é o representante legal, como o direitor, ou ainda o administrador jurídico

Sim, pois as pessoas jurídicas podem praticar crimes ambientais. Essa responsabilidade está prevista no artigo 3º da lei 9.605 de 1998 que dispõe: Art. 3º As pessoas jurídicas serão responsabilizadas administrativa, civil e penalmente conforme o disposto nesta Lei, nos casos em que a infração seja cometida por decisão de seu representante legal ou contratual, ou de seu órgão colegiado, no interesse ou benefício da sua entidade.