Olha, eu acho que eles evitam que patógenos, nesse caso microorganismos patogênicos, colonizem a região.
A microbiota endógena inclui todos os microorganismos (bactérias, fungos, protozoários e vírus) que residem no interior ou na superfície corporal dos seres sadios.
A composição da microbiota bacteriana humana é relativamente estável com gêneros específicos ocupando as diversas regiões do corpo durante períodos particulares na vida de um indivíduo.
Portanto, cavidade oral, por exemplo, apresenta uma das mais concentradas e variadas populações microbianas, cuja localização principal está no dorso da língua, no sulco gengival e na placa dental coronariana. Os microorganimos anaeróbicos vivem nas camadas mais profundas da pele, folículos pilosos e glândulas sudoríparas e sebáceas.
Fonte: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-52732007000600005
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