Não, por não ter tido contato direto com alimento ou com o mundo externo o trato gastrointestinal do recèm nascido não possui microorganismo ainda. Fato é que, seu instestino é mais alongado, com superfície de contato superior e sua digestão é feita através de enzimas. De início, o intestino do recém-nascido contém mecônio, uma substância fecal espessa, verde-escura e inodora que consiste em líquido amniótico, bile, células epiteliais e cabelo (da queda de lanugem no útero, os pelos finos e macios que recobrem os ombros e as costas do recém-nascido). Somente depois do primeiro contato do intestino com alimento as fezes adquirem odor e mudam de cor, o que explica a falta de microorganismo de início.
A microbiota normal associada ao trato digestivo humano é constituída por um número considerável de microorganismos pertencentes a aproximadamente 300 a 400 espécies microbianas diferentes/indivíduo que tem funções importantes no local que colonizam.
As funções associadas a essa microbiota quando formada são: a resistência à colonização, que seria uma forma de impedir ou reduzir a multiplicação de micoorganismos exógenos que possam invadir o trato digestivo; a imunomodulação, que serve como forma de defesas imunológicas locais e sistêmicas efetivas e rápidas; a contribuição nutricional, que oferece diversas fontes energéticas e de vitaminas, além de participar da regulação da fisiologia digestiva do hospedeiro.
Ao nascimento, o recém-nascido se apresenta totalmente livre de microbiota associada, e é fundamental para ela que as suas superfícies e mucosas sejam o mais rapidamente colonizadas pelos microorganismos. E a microbiota gastrintestinal de uma criança só chega ao padão de um adulto após seis meses a um ano de vida.
O recém-nascido adiquire essa microbiota primeiramente da Mãe, durante o parto pelo contato vaginal e fecal e posteriormente, quando em contato com a pele e a amamentação.
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