como calculo geometria

Como sua pergunta está relacionada à química orgânica, creio que vc está falando da geometria a partir dos átomos de carbono. Vc deve antes de tudo saber que o carbono possui 3 hibridizações possíveis sp3, sp2 e sp. 

Sp3= 1 orbital s (um formato de esfera) se combina com 3 partes do orbital p (px, py e pz, formato de alter, cada um numa direção). Dessa combinação surge a possibilidade de termos a geometria tetraédrica. Compostos desse tipo podem fazer ligações sigma (sobreposição dos orbitais sp3 de cada carbono um de frente pro outro). todas as ligações são sigma (simples) ex: etano.

sp2= 1 orbital s e 2 orbitais p se combinam. Gerando uma geometria trigonal plana. A aproximação de 2 carbonos sp2 só possibilita uma ligação sigma e a outra ligação é pi, (os orbitais sp2 de cada carbono se aproximam lateralmente e se sobrepoem). Podemos achar compostos assim com 1 ligação dupla. Ex: eteno.

sp= 1 orbital s e 1 orbital p se combinam formando uma geometria linear. a aproximação de 2 carbonos sp, permite a formação de 1 ligação sigma e duas pi (ou seja 1 lgação tripla e 1 simples, ou 2 duplas). Ex: etino, CO2.