O Cobre possui inicialmente 29 elétrons, mas como esta com duas cargas positivas significa que agora possui 27.

Perceba,  no caso do átomo de cobre, quando neutro, ele tem 29 elétrons e 29 prótons. 

Quando ele se transforma num cátion bivalente, ele perde dois elétrons, ficando com 27 elétrons e 29 prótons. A carga positiva indica justamente esse excesso de prótons, em relação ao número de elétrons.