Extensões em Java:
O java é uma linguagem compilada e depois interpretada. Compilar significa resumidamente que será gerado um arquivo como resultado da compilação, interpretada significa que as linhas do código são executadas diretamente sem a necessidade de geração de outro arquivo.
No java os arquivos escritos usando a linguagem de programação são salvos com extensão .java. Após compilados - usando um utilitários chamado javac - estes arquivos geram outro arquivo com extensão .class.
A extensão .jar se refere a um arquivo compactado usando um outro utilitário do java, o jar, este arquivo pode ser executado ou então aberto por outro programa de compactação como o winzip.
A estrutura de criação de um programa java fica assim então
MinhaClasse.java - aqui eu tenho um arquivo texto escrito usando linguagem de programação java e salvo com a extensão .java
Então eu compilo o arquivo usando
javac MinhaClasse.java
Isso irá gerar o meu arquivo compilado (que possui um código chamado bytecode)
MinhaClasse.class
Ai então eu executo este arquivo assim
java MinhaClasse - repare que sem usar o .class aqui
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