Quais os motivos que levam alguns micro-organismos a escaparem das respostas imunológicas?

O fato de ser extracelular ou intracelular já interfere, além do fato de sofrer mutações a depender do micro-organismo

Os agentes infecciosos desenvolveram diversos mecanismos para evadir a resposta imune do hospedeiro. 

A  variação  antigênica  é  uma  estratégia  adotada  tanto  por  bactérias,  quanto  por  vírus  e parasitos,  e  é  caracterizada  por mutações  genéticas que podem  modificar os epítopos que  eram anteriormente  reconhecidos  por  anticorpos  ou  outros  componentes  do  sistema  imune dificultando, desta  forma, a  eliminação  do  agente  infeccioso.

A tabela abaixo resumo todos os mecânismos:

fonte:http://www.fcav.unesp.br/Home/departamentos/patologia/HELIOJOSEMONTASSIER/ed-11-mecanismos-de-imunidade-contra-agentes-infecciosos.pdf