Qual a diferença entre o sistema de arquivos Fat32 e Ext4?

FAT32  suporta partições de até 2 TB, tamanho de arquivos de 4 GB e o nome dos arquivos passou de 8 para 256 caracteres e superou o antigo limite de 3 caracteres para a extensão, embora este padrão ainda seja largamente utilizado.

 Já o Ext4 é um sistema em produção, você pode atualizar o sistema de arquivos. O processo é seguro é não há riscos para seus dados (obviamente, fazer backup de dados críticos é recomendado, pois você está atualizando seu sistema de arquivos). O Ext4 vai usar uma nova estrutura de dados somente em novos dados, a estrutura antiga continuará intocada, é será possível para leitura/escrita se for preciso. 

O sistema de arquivos FAT32 utiliza 32 bits no endereçamento de dados. No FAT16, quanto maior o espaço em disco, maior é o tamanho do cluster. Com o FAT32, é possível usar clusters menores, no geral de 4 KB, mesmo que a unidade ofereça maior capacidade de armazenamento. Assim, o desperdício acaba sendo menor. O sucesso da grande compatibilidade do FAT32 com programas, drivers de dispositivo e as redes existentes, foi reestruturado com o mínimo de alterações na arquitetura do Windows, nas estruturas de dados internos, em APIs e também no formato no disco. Como o FAT32 precisa de 4 bytes para poder armazenar valores do cluster, várias estruturas de dados internos e no disco e APIs publicados foram refeitas ou mesmo expandidas. Ferramentas e drivers existentes continuarão funcionando em unidades FAT32.

Ext4 é a evolução do sistema de arquivos mais usados no Linux, o Ext3. De muitas maneiras, Ext4 é uma profunda melhoria sobre o  Ext3, sendo o Ext3, com muitas melhorias frente o Ext2. No Ext3 foi principalmente a adição de Journaling sobre o Ext2, mas Ext4 teve mudanças importantes na estrutura do sistema de arquivos destinado ao armazenamento de dados. O resultado é um sistema de arquivos com um designer aperfeiçoado, melhor performance, confiável e com muitos recursos.