As microdeleções são provenientes de falha no processo de meiose celular dos gametas, estão geralmente relacionadas com pacientes de idade avançada, pacientes com auto teor de radicais livres circulantes no organismo ou infecções das gonadas e história familiar de má formações genéticas A deleção mais comum tem cerca de 3Mb, ocorre entre as regiões LCR (Low Copy Repeat) A-D, denominando-se por isso como região tipicamente deletada (TDR). Uma deleção menor, com cerca de 1,5Mb, ocorre entre as regiões LCR A-B. Estão também descritas outras deleções mais pequenas e menos frequentes, dentro e fora da TDR. Quatro blocos de LCRs com alto grau de homologia: predisposição a ocorrência de rearranjos meióticos desiguais
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