Essa "vantagem" vem a partir da teoria endossimbiótica, que diz que a mitocondria teria se originado da endocitose de procariotos heterotróficos por células eucarióticas. Tais procariotos seriam organismos aeróbicos, que utilizam o oxigênio para a conversão energética a partir de substratos orgânicos. A teoria diz que os procariotos teriam passado a viver no citoplasma dos eucariotos, tornado-se, ao poucos, dependentes, metabolicamente, da célula hospedeira. Por outro lado, a simbiose teria proporcionado à célula eucariótica hospedeira um incremento na disponibilidade de ATP para a realização das suas atividades fisiológicas, refletindo, posteriormente, em um aumento do grau de complexidade estrutural e funcional da mesma, e que culminaria com a formação dos primeiros organismos eucariotos multicelulares. Acredita-se que grande parte do genoma do organismo procarioto foi transferida para o genoma nuclear da célula eucariótica, o que é notável pela dependência da transcrição e tradução efetivadas a partir do DNA nuclear para a constituição da organela, e consequente perda da redundância genética.
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