É uma diferença do normal que não prejudica em nada a função ou o indivíduo (Ex: ausência da veia intermédia do cotovelo).
A variação anatômica é quando um indivíduo nasce com algum tipo de diferença na estrutura de seu corpo em relação as demais pessoas, sem que isso represente algum tipo de transtorno para o desempenho das funções corporais. Caso haja algum tipo de prejuízo funcional para o indivíduo, então a diferença é classificada como anomalia anatômica.
Como exemplo, podemos citar a destrocardia, quando o ápice do coração do indivíduo é voltado para a direita, ao contrário da maioria da população, mas isso não traz nenhum tipo de complicação. Há ainda a hidrocefalia, que trata-se do encéfalo aumentado, onde ocorre prejuízo funcional.
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